В Академию принимались в основном дворяне, значительно реже – разночинцы. В учебном заведении поддерживалась строжайшая дисциплина: побег карался смертной казнью, опоздание из отпуска – каторгой. Сроки обучения не были строго установлены и определялись уровнем знаний учеников.
Академия имела военную организацию: 6 бригад-отделений по 50 человек во главе с офицерами гвардейских полков, называвшимися «командирами морской гвардии». В помощь каждому назначались, также из гвардии, один или два офицера, два сержанта и несколько заслуженных старых солдат, исправлявших должность дядек и обеспечивавших дисциплину. Воспитанники должны были жить в здании Академии, однако многие жили на квартирах.
В апреле 1716 года вышло «Положение о гардемаринах в российском флоте», которым отменялось воинское звание «навигатор». Воинское звание «гардемарин» (в переводе с французского – «страж моря», «морской гвардеец») было установлено как переходное от ученика Академия к чину мичмана (учрежден в 1713 году, младший офицерский чин в Российском флоте с 1732 по 1917 гг., с перерывом в 1751—1758 гг.).
Петром I было установлено, что в гардемарины могли быть переведены только те ученики Академии, которые «превзошли науки», то есть успешно сдавшие высшие мореходные науки. В последующем, сдав очередной экзамен, гардемарины получали первичное офицерское звание – унтер-лейтенант (с 1732 г., после причисления звания мичмана к офицерскому составу, выпускникам Академии присваивалось при выпуске это воинское звание). Таким образом моментом окончания Морской академии являлось получение гардемарином офицерского звания. В связи с этим имеющиеся в архивных документах фразы о том, что ученики Морской академии выпускались гардемаринами, являются некорректными.
С момента образования гардемаринов они не имели определенной военной формы. Историк Ф. Ф. Веселаго писал, что форма, по всей видимости, была матросская, так как при первом практическом плавании летом 1716 г. было отмечено: «Им роздали такие же парусиновые „бостроки“ как матрозам». Только в мае 1723 года указом Петра I было постановлено гардемаринам иметь форму «во всемъ» сходную с лейб-гвардии Преображенским полком, то есть: кафтаны темно-зеленые, у кафтанов воротники и обшлага, и также камзолы и штаны красные, а шинели василькового цвета. Гардемарины имели шпаги с золочеными эфесами и ружья. Такая форма просуществовала до момента преобразования Академии в Морской шляхетный кадетский корпус в 1752 г.
В строевом отношении гардемарины составляли роту по образцу Гвардейской сухопутной роты. Кроме рядовых