В 1715 году из общего числа 427 учеников больше было детей солдат и унтер-офицеров – 194, из дворян – 116.
В итоге с 1701 по 1716 годы в Школе учились 1600 человек, из них в дальнейшем 400 служили матросами, унтер-офицерами и подштурманами, в артиллерии – канонирами, пушкарями, констапелями.
Подготовка моряков не ограничивалась обучением в самой Навигацкой школе. Для продолжения обучения молодые люди посылались за границу. Не исключалось и практическое обучение на отечественных кораблях.
Учителями в школе служили приглашенные Петром I из Англии профессор математики и астрономии А. Д. Фарварсон и навигаторы Стефан Гвын и Ричард Грейс. Профессор Фарварсон считался мастером, другие учителя – подмастерьями. Из доклада А. А. Курбатова: «…только Фарварсон серьезно относится к своему делу», а «двое других хотя и называются навигаторами, но к своей науке знают гораздо меньше Леонтия». Под Леонтием подразумевался житель Кадашевской слободы Москвы, талантливый русский самоучка – преподаватель арифметики, геометрии и тригонометрии, получивший фамилию от Петра I – Магницкий, за познания в области магнитологии. 30-летний Леонтий Федорович Магницкий преподавал свои дисциплины на родном языке. В основе его курса лежал написанный им учебник «Арифметика» (1703), в нем последняя часть посвящалась навигации. В 1712 г. в архивных документах упоминается еще учитель Протопопов. Об остальных преподавателях известно, что все они были выпускниками самой же Навигацкой школы.
После смерти в 1706 году Ф. А. Головина на его место был назначен управляющий Морским ведомством адмирал Федор Матвеевич Апраксин.
Указом от 22 февраля 1707 года Навигацкую школу перевели в Приказ морского флота. Содержалась школа на сборы, вносимые царедворцами в данный Приказ (Адмиралтейский приказ), на эти же деньги содержались и ученики, посланные для обучения за границу. Например, в 1714 г. сумма сборов составляла 22 459 руб., а на содержание Инженерной школы, созданной на один день раньше в январе 1701 года, отпускалось только 3 037 руб. По списку одежды, купленной, например, школьнику Щукину, можно судить, что для учеников определили французскую форму, состоявшую из кафтана, камзола, рубашки, чулок, башмаков и шляпы.
Учащиеся последовательно изучали геометрию («землемерие»), плоскую планиметрию, стереометрию, параллельно им тригонометрию и черчение. Писали ученики на аспидных досках грифелями. Все старшие ученики верхних классов, а также выпускники Школы назывались навигаторами. Они изучали географию, диурналы (ведение навигационного журнала), навигацию плоскую и меркаторскую. Наиболее способные ученики осваивали сферику – сферическую тригонометрию, основу математической географии и морской астрономии, из этих