Новый штат Корпуса был установлен в 1764 году. Согласно новому штату была предпринята попытка уравнять снабжение Морского корпуса с Сухопутным кадетским корпусом. При Корпусе стало числиться 180 рядовых кадет, 87 гардемаринов и 60 артиллерийских учеников (ранее – 30). Общая штатная численность Корпуса достигла 360 человек. Геодезический класс был увеличен с 30 до 50 человек. Увеличение числа артиллеристов до 60 человек было направлено на ликвидацию некомплекта артиллерийских офицеров на флоте (111 вакансий), чтобы не брать на корабли выпускников сухопутных Артиллерийского и Инженерного кадетских корпусов. Но из этих 60 человек часть (15—20 чел.) направлялась на формирование класса корабельных мастеров. В Корпусе организовали мастерскую для изготовления инструментов, предусмотренную прежним штатом, увеличили возможности типографии. Учебная программа осталась прежней, но вместо трех языков решено было оставить один – «хотя бы английский знали». Два раза в год на экзамены Адмиралтейств-коллегия направляла депутатов, а на выпускном экзамене присутствовала вся Коллегия.
Для практики учеников в июне 1766 г. был куплен трехмачтовый фрегат «Надежда», построенный на верфи Главного Адмиралтейства корабельным мастером Ямесом. Этот первый учебный корабль специальной постройки служил Морскому корпусу до 1774 г., после чего в Англии в 1787 г. закупили бриг «Феникс» и в 1798 г. решением Адмиралтейств-коллегии корпусу был передан построенный фрегат «Богоявление».
Произведенные изменения в штате Корпуса привели к росту престижа обучения в нем.
1 ноября 1771 года, после большого пожара на Васильевском острове в ночь с 23 на 24 мая между 7-й и 21-й линиями, уничтожившего и здание Корпуса (остались одни капитальные стены и чудом сохранившийся позолоченный иконостас и некоторые реликвии, в том числе и первые корпусные знамена), кадеты и гардемарины после вынужденного проживания в полевом лагере в Галерной гавани были переведены в Кронштадт в здание Итальянского дворца, принадлежавшего императорской семье (вклейка 2.1). Очередной набор кадетов в 1771 году был отменен.
Воспитанниками