В декабре 1906 года в Кронштадте после позорного поражения российского флота в Русско-японской войне состоялся военно-морской суд, признавший виновными в позорной капитуляции командующего отрядом Н. И. Небогатова и его офицеров В. В. Смирнова, С. И. Григорьева и Н. Г. Лишина. Их приговорили к смертной казни, замененной Николаем II десятилетним заключением в крепости. Вместе с ними также осудили старших офицеров, спустивших на своих броненосцах Андреевский флаг и поднявших на флагштоке флаг Японии. Часть печати позора легла и на Морской корпус, подготовивший большую часть данных офицеров.
Назначенный весной 1905 года Морским министром адмирал А. А. Бирилёв после изучения многочисленных предложений и проектов по реформированию Морского кадетского корпуса был вынужден дополнительно учредить Специальную комиссию для пересмотра всех учебных программ по подготовке офицеров флота. Ознакомившись с работой Морского корпуса, комиссия отметила слабую подготовку воспитанников по таким важным предметам, как теория корабля и корабельная архитектура, корабельная артиллерия, минное дело, электротехника, беспроволочный телеграф, законоведение, морская администрация и морская гигиена.
По распоряжению Морского министра в Морском корпусе в срочном порядке дополнительно оборудовали современные учебные кабинеты и лаборатории: электротехнический кабинет, химическая лаборатория; расширены и переоснащены были физический и минный кабинеты. Впервые в Корпусе были введены обязательные практические занятия по радиотелеграфу, проекционному черчению и морской гигиене.
Комиссия рекомендовала руководству Корпуса также обратить более серьезное внимание на изучение математики – основы важнейших учебных курсов: мореходной астрономии, теории девиации компасов, теории артиллерийской стрельбы и целого ряда других практических специальных морских дисциплин.
По рекомендации Комиссии традиционный порядок проведения учебных занятий в специальных гардемаринских классах заменили так называемой «репетиционной системой». Новая система обучения являлась достаточно прогрессивной и более эффективной. Теперь практические занятия и лекции у воспитанников специальных классов дополнялись обязательными «репетициями», предусматривавшими поэтапную сдачу преподавателям определенных разделов той или иной учебной дисциплины. Своеобразные зачеты («репетиции») проводились обычно после основных занятий, 2 раза в неделю (по вторникам