В конце XIX века при реализации программы «Для нужд Дальнего Востока» Морское министерство столкнулось с реальными трудностями при комплектовании новых кораблей офицерским составом. Поэтому, начиная с 1898 года, в Морской кадетский корпус был открыт дополнительный весенний прием. Высочайшим приказом в учрежденный младший класс (1-ю роту) теперь ежегодно дополнительно стали набирать 50 воспитанников из числа кандидатов, окончивших сухопутные кадетские корпуса, гимназии и реальные училища. Среди кандидатов, желавших поступить в 1-ю роту, были даже студенты младших курсов университетов.
Таким образом в 1898 году, при сохранении старых принципов организации учебного процесса, число воспитанников Морского кадетского корпуса было увеличено почти вдвое (до 600 человек). При этом 525 учащихся находились на полном государственном обеспечении, а 75 являлись так называемыми «своекоштными» или «стипендиатами» тех или иных именных стипендий.
Каких-либо радикальных изменений в содержании учебных программ и отдельных дисциплин новым Уставом Морского кадетского корпуса произведено не было. Расписанием ежедневно предусматривалось 5 уроков. Для оценки знаний воспитанников была утверждена двенадцатибалльная система. Уставом подтверждены ранее существовавшие формы поощрения воспитанников: занесение на корпусные мраморные доски почета имен и фамилий гардемаринов, возглавлявших выпускной список, или присуждение именных денежных премий лучшим выпускникам (премия имени адмирала Нахимова, имени адмирала Краббе, имени адмирала Рикорда, имени тайного советника Менде, имени генерал-лейтенанта Мещерякова или премия вице-адмирала Назимова).
К концу XIX века бюджет Морского корпуса составлял 312 758 рублей в год.
В январе 1901 года в Петербурге был широко отмечен 200-летний юбилей Морского кадетского корпуса. В честь этой даты был учрежден особый нагрудный знак (на обложке книги в центре) с представлением права его ношения на левой стороне груди «…всем состоящим в Корпусе в день юбилея лицам в офицерских и классных чинах по учебному, административному и строевому составу Корпуса и священнослужителям; воспитанникам, состоящим в специальных классах Корпуса в день юбилея, но не ранее, как по окончании ими курса в этом Корпусе и по производстве в офицеры». Основанием знака служила сложенная голубая знаменная лента ордена Святого Андрея Первозванного, завязанная внизу бантом,