А. М. Доможиров сразу после вступления в должность приказал командирам кораблей Учебного отряда Корпуса в течение всего периода плавания приучать воспитанников к несению вахтенной службы, выполняемой матросами, так как он считал, что воспитанники должны были усвоить правило: надо сперва самим научиться подчиняться, чтобы потом командовать. При этом новый директор не искал дешевой популярности. Благодаря своему громадному опыту строевого офицера флота он всегда внушал к себе не страх, а глубокое уважение и доверие как у преподавателей, так и у учащихся.
За один лишь год директор немало сделал по принятию действенных мер укрепления дисциплины и улучшению учебных программ. К сожалению, тяжелая болезнь и смерть не позволили ему завершить начатые преобразования. В марте 1902 года батальон гардемаринов Морского кадетского корпуса провожал своего директора на кладбище Александро-Невской лавры.
Временно, до назначения нового директора, Корпусом руководил начальник строевой и хозяйственной части генерал В. А. Давыдов, любимец воспитанников, «добрейший Василий», как его в своей среде окрестили кадеты и гардемарины.
Новым директором Корпуса в 1902 году был назначен контр-адмирал Григорий Павлович Чухнин, окончивший Морское училище в 1865 году. Адмирал имел репутацию образованного, но весьма «грозного» морского офицера. По воспоминаниям выпускника Морского корпуса Г. К. Графа: «И, действительно, все сразу же почувствовали, что слово адмирала Чухнина не расходится с делом. Жесткая и требовательная рука директора не знала пощады по отношению к нарушителям воинской дисциплины. На корпусных построениях теперь регулярно зачитывались грозные приказы, заканчивавшиеся строгим выговором или отчислением из учебного заведения. Складывалось впечатление, что он сутками не покидал здание Морского корпуса. С утра до глубокой ночи его могли видеть во всех помещениях и углах Корпуса… Уже на второй учебный год стало заметно сказываться его влияние на Корпус. В лазарете стало больше порядка… Несколько улучшилась и пища воспитанников. Но по учебной части никаких коренных реформ не было».
Ежегодно в летние месяцы выпускники практиковались на кораблях Учебного отряда морских судов. Качество практики несколько снижалось ввиду устаревания корабельного состава отряда. Тем не менее качество специальной подготовки оставалось достаточно высоким благодаря углублённому изучению специальных дисциплин. В 1903 году срок обучения в специальных классах был увеличен ещё на один год.
В ночь на 27 января 1904 года Япония без объявления войны произвела атаку на стоявшие на внешнем рейде Порт-Артура броненосцы «Цесаревич», «Ретвизан» и крейсер «Паллада». В тот же день в корейском порту Чемульпо погибли в неравном бою с японской