В 1878 году в младший приготовительный класс Училища был принят будущий академик кораблестроения Алексей Николаевич Крылов, по словам которого, кроме приготовительных, был один класс (курс) общий и три специальных. В общий класс допускались юноши от 15 до 18 лет, но большинству было 17 лет. Срок обучения соответственно был увеличен до 5 лет. А. Н. Крылов был выпущен гардемарином в октябре 1884 г., а после экзаменов и плавания произведен в мичманы.
1 марта 1881 г. (ст. стиля) император Александр II был убит террористами. В результате расследования было установлено, что по делу проходили 25 воспитанников Морского училища. Данное обстоятельство не могло не отразиться на руководстве Училища и порядке в нем.
Морское училище в эпоху императора Александра III
С осени 1882 г. начальником Училища был назначен контр-адмирал Свиты его величества Д. С. Арсеньев. Будучи воспитателем великих князей Сергея Александровича и Павла Александровича, он привнес в училище «придворный» стиль, сделав главным предметом танцы, для чего был приглашен артист балета Гельцер. В результате воспитанники дали новому директору прозвище «шаркун».
Правление Д. С. Арсеньева отвечало духу времени Александра III – времени контрреформ. Он возглавлял училище в течение 14 лет, до коронования Николая II. По воспоминаниям А. Н. Крылова, «ему было предписано истребить в Морском училище дух „превратного толкования“, и он решил, что самый простой и верный способ – это истребить всякое толкование». По поводу назначения Д. С. Арсеньева директором Морского училища адмирал Дмитрий Захарович Головачёв в разговоре с коллегами довольно язвительно замечал, что «новый начальник имел под своим ведением двух великих князей и двух придворных лакеев и поэтому ему дали воспитывать 700 кадет».
В 1885 г. на год понизили возраст поступающих. Училище в это время состояло из шести рот-курсов: гардемаринская рота, воспитанники которой назывались гардемаринами, четыре строевых роты и нестроевая рота – шестая, для малолетних. Прием в Училище производился лишь в шестую роту. Лишь отдельные личности, и то по особому разрешению, могли поступить в старшие роты. Кроме этого были отменены пробные плавания перед вступительным экзаменом, восстановлено звание «гардемарин» для учащихся специальных классов, от кадет они отличались якорями на погонах. Также было отменено строевое звание «гардемарин», присваиваемое выпускникам.
Тем не менее