В 1690 году он вернулся в Ирландию с рекомендацией от Темпла, где отмечались хорошее знание латинского и греческого языков, знакомство с французским языком и литературой и выдающиеся литературные способности. У Темпла Свифт встречался с именитыми гостями, включая короля Вильгельма (1650–1702), что дало богатый материал для последующих сатирических произведений.
В 1692 году Свифт получил звание магистра в Оксфорде, а в 1694 году принял духовный сан в англиканской церкви. Он был назначен священником в ирландский посёлок Килрут, но прослужил там недолго, предпочтя вернуться к Темплу. В 1696–1699 годах Свифт написал сатирические повести-притчи «Сказка бочки», получившую подзаголовок «Написано ради общего совершенствования рода человеческого», и «Битва книг», опубликованные в 1704 году, а также несколько поэм. После смерти своего покровителя Темпла писатель занялся поиском должности и в 1700 году назначен служителем (пребендарием) собора Святого Патрика в Дублине. В 1702 году Свифт получил степень доктора богословия в Тринити-колледже, сблизился с оппозиционной партией вигов. Почти все произведения Свифта при его жизни выходили под разными псевдонимами или вообще анонимно, но его авторство не составляло секрета.
Джонатан Свифт. Художник М. Даль. 1734 г.
В 1705 году, разочаровавшись в вигах, Свифт вернулся в Ирландию, где получил приход в деревне Ларакор, и проживал там до конца 1707 года. В одном из писем он сравнил распри вигов и тори с кошачьими концертами на крышах. Около 1707 года Свифт познакомился с 19-летней сиротой Эстер Ваномри (1688–1723), с которой у них завязалась трогательная переписка, в которой Свифт именовал девушку Ванессой. Одновременноо Свифт почти ежедневно писал Эстер Джонсон, которую называл Стеллой. Эти письма составили его книгу «Дневник для Стеллы», изданную посмертно. Эстер-Стелла поселилась в ирландском поместье Свифта на правах воспитанницы. Существует гипотеза, что Джонатан и Стелла тайно обвенчались около 1716 года, но документальных доказательств этого пока не найдено.
В 1710 году тори во главе с Генри Сент-Джоном, впоследствии виконтом Болингброком (1678–1751), пришли к власти в Англии, и Свифт их поддержал, поскольку они заключили мир с Францией и осудили коррупцию и пуританский фанатизм. Он подружился с Болингброком и стал публиковаться на страницах консервативного еженедельника «The Examiner».
В 1713 году Свифт стал деканом собора Святого Патрика. В 1720 году он включился в борьбу за автономию Ирландии, поскольку считал, что метрополия разоряет Зеленый остров. Тогда же Свифт начал писать самую знаменитую свою книгу – «Путешествия Гулливера».