В 1592 году (или 1596) Ди наконец был назначен ректором Колледжа Христа в Манчестере. Однако он с трудом справлялся со своими обязанностями, поскольку находившиеся под его началом коллеги не желали подчиняться «злому волшебнику».
Ди был трижды был женат и имел восемь детей. Его старший сын Артур Ди (1579–1651) также занимался алхимией и герметической философией. И в 1620—1630-х годах был придворным врачом русского царя Михаила Федоровича.
Джон Ди умер 6 марта 1609 года в Мортлэйке и был там похоронен.
Элиас Эшмоул через нескольких десятилетий после смерти Ди сообщил о том, что он был «был опознан как член Братства R.Cr., членом этого Братства… Филиппом Цайглером…». Этот последний, революционный розенкрейцерский пророк, прибыл в Англию в 1626 году и наделал много шума. Однако возможно, что Ди был знаком с Фрэнсисом Тинном, поэтом из лондонского общества «Розы», изучавшим алхимию. В своем дневнике под датой 1 марта 1589 года Ди записал: «Я получил письмо от мистера Тинна».
Значимые связи с розенкрейцерством могли быть установлены через двух слуг Ди. Кук работал на мага с 1567 по 1581 год. Они повздорили и расстались, однако затем помирились, и Кук вернулся на службу к Ди в 1600 году. Оказывается, что в качестве ассистента Корнелиуса Дреббеля, алхимика-изобретателя, пока тот трудился на императора Рудольфа II в Праге вплоть до 1612 года, значился «Роджер Кок». По всей вероятности, это и был «Кук». Дреббель же был видной фигурой среди розенкрейцеров. Приблизительно с 1603 года и вплоть до смерти Ди у него был молодой ученик по имени Патрик Сэндерс, которому после ухода учителя достались некоторые из его манускриптов. Со временем, став сотрудником Лондонского медицинского колледжа, Сэндерс подготовил к печати труд Роджера Бэкона «Epistola… De Secretis Operibus Artis et Naturae», который был опубликован в Гамбурге в 1618 году. Он посвятил это издание братству розенкрейцеров.
Филип Сидни писал Юберу Ланжэ 11 февраля 1574 года: «Однако, конечно, существенно… для тебя помнить, что наш «неизвестный Бог» [Ди] из той же земли и субстанции и встретит твое несвоевременное появление много смеясь, если примет как родного брата; в противном случае в своем гневе он, вероятно, может замахнуться на тебя своей иероглифической монадой, подобно Юпитеру, метающему молнию, – ибо такова ярость духов небесных». Американский исследователь Рон Хайслер так комментирует этот текст: «Сидни, который изучал химию, «ведомый Богом, с Ди в роли учителя и Дайером в роли компаньона», делает остроумное замечание, центром коего является фраза – «наш «неизвестный Бог», чьи полномочия воспринимались более серьезно. Сидни прямо намекает на культивирование prisca theologia – изначальной религии внутри общепринятой, следовательно, зададимся вопросом, приобрела ли секта Ди к 1574 году определенную форму? Мы не можем быть уверены относительно