31 января III Всероссийский Съезд Советов одобрил декрет о роспуске Учредительного собрания.
Защита Учредительного собрания стала одним из лозунгов Белого движения. Региональные правительства объединились, избрав временную Всероссийскую Директорию. Одной из своих задач Директория провозгласила восстановление в России Учредительного собрания.
Наступление Красной армии в августе – сентябре 1918 года заставило Директорию переехать в Омск, 18 ноября 1918 года Директория была свергнута омскими военными.
Активные члены Учредительного собрания пытались вести агитацию против Колчака. 30 ноября 1918 года он приказал предать бывших членов Учредительного собрания военному суду «за попытку поднять восстание и вести разрушительную агитацию среди войск». Часть членов съезда Учредительного собрания (25 человек) была арестована и заключена в тюрьму. После неудачной попытки освобождения 22 декабря 1918 года многие из них были расстреляны.
Большое внимание Свердлов уделял формированию пролетарских кадров управления страной, организовав для них школу инструкторов и агитаторов при ВЦИК (в 1919 году она была преобразована в Коммунистический университет имени Я.М. Свердлова, который в 1939 году был преобразован в Высшую партийную школу при ЦК).
Свердлов был председателем комиссии по выработке Конституции РСФСР. Подготовленная им Конституция объявила в России диктатуру пролетариата в целях водворения социализма в государстве в виде Республики Советов.
Во время мятежа левых эсеров летом 1918 года арест Свердлова был одной из основных целей восставших, в ответ на что Свердлов и Ленин приказали арестовать руководство левых эсеров, находившееся в Большом