Stanisław na starość rzeczywiście niemal nie odstępował swojej małżonki na krok, zwłaszcza kiedy u Marii pojawiły się poważne problemy ze wzrokiem, będące skutkiem zaćmy. Para spędzała ze sobą bardzo dużo czasu, często bywając w teatrze. Teraz owe wizyty w przybytku Melpomeny sprawiały im znacznie więcej przyjemności niż w latach, gdy Wojciechowski był prezydentem. Wówczas bowiem każde pojawienie się prezydenckiej pary na widowni wywoływało niekłamaną sensację i często budziło większe zainteresowanie niż sam spektakl. Wojciechowscy starali się też jeździć razem na wakacje, przeważnie na Litwę, odwiedzając przy okazji Kupryszki. Syn Marii twierdził, że na stare lata w jego matce odrodziła się nawet litewska dusza, a ona sama znowu, jak za młodu, mówiła ze śpiewnym litewskim akcentem. Każda wigilia w domu Wojciechowskich miała litewską oprawę, a na stole nie mogło zabraknąć śleżyków — bułeczek pieczonych w mleku makowym, natomiast na co dzień cała rodzina zajadała się inną litewską specjalnością — kołdunami. W 1939 roku stan zdrowia Marii gwałtownie się pogorszył, kobieta niemal zupełnie straciła wzrok i praktycznie nie wychodziła sama z domu, dlatego w sierpniu na wakacje do Duksztów Wojciechowski pojechał sam, pozostawiając swoją żonę pod opieką rodziny.
Chociaż mówiło się o wybuchu wojny, były prezydent nie brał takiej ewentualności pod uwagę. Na szczęście tuż przed najazdem Niemiec na Polskę podjął decyzję o powrocie do Warszawy. Gdyby zwlekał z tym dłużej, być może już nigdy nie zobaczyłby swojej rodziny, a pozostając w Duksztach, kiedy ziemie litewskie opanowała Armia Czerwona, prawdopodobnie skończyłby na Łubiance.
Wojenna pożoga
Stanisław Wojciechowski uważał, że ciąży na nim, jako na byłym prezydencie RP, wielka odpowiedzialność wobec narodu polskiego, dlatego zamiast ewakuować się z Warszawy, postanowił wspierać mieszkańców oblężonej przez wojska niemieckie stolicy. Ponieważ z racji wieku nie czuł się na siłach, by aktywnie angażować się w jakiekolwiek akcje, namówił do tego syna. „Mój mąż, po porozumieniu z Ojcem, nie opuścił obleganej Warszawy — wspominała synowa Wojciechowskich. — Ktoś musiał organizować życie codzienne miasta. Powstawały komitety domowe”29. Stanisław nie mógł poświęcić się pracy dla dobra warszawiaków także z powodu żony, która w owym czasie niemal zupełnie ociemniała. Małżeństwo całymi dniami przebywało w domu, czasami schodząc do piwnicy, nasłuchując odgłosu bombardowania i salw karabinowych.
Niedługo po wkroczeniu wojsk niemieckich do Warszawy Edmund został aresztowany. Sytuacja była poważna: młody Wojciechowski miał stanąć przed plutonem egzekucyjnym. Stanisław robił, co mógł, by uratować mu życie, uruchomił wszystkie znajomości, pociągał za wszystkie możliwe sznurki, byleby tylko udało mu się wyciągnąć syna z rąk Niemców. Pomógł mu Jerzy Potocki, niegdysiejszy adiutant Piłsudskiego, za sprawą którego Edmund 4 kwietnia 1940 roku odzyskał wolność. Arystokrata, a zarazem dyplomata, wykorzystał powiązania swojej rodziny z niemieckimi dygnitarzami. Nie było to trudne, skoro jego matka wywodziła się z berlińskiej linii Radziwiłłów, przyjaźniła się z żoną cesarza Wilhelma I, którego syn Wilhelm II trzymał do chrztu starszego brata Jerzego — Alfreda, czwartego ordynata na Łańcucie. Sprawę ułatwiał fakt, że Alfred zgodził się, aby w łańcuckim zamku zainstalował się sztab Wehrmachtu, a poza tym utrzymywał wyjątkowo dobre stosunki z samym Hermannem Göringiem.
Siedemdziesięcioletni Stanisław, mający pod opieką schorowaną żonę, nie mógł i nawet nie chciał angażować się w działalność konspiracyjną. Państwo Wojciechowscy starali się w tych ciężkich czasach prowadzić w miarę normalne życie rodzinne, ale wojenna rzeczywistość nie dała o sobie zapomnieć. W lipcu 1940 roku ich syn, który po wyjściu z więzienia nie posłuchał rad przyjaciół i nie wyprowadził się do mieszkającej w Gołąbkach pod Warszawą Zofii, ponownie został aresztowany, wraz z grupą adwokatów, którzy nie zgodzili się na usunięcie z adwokatury wszystkich prawników pochodzenia żydowskiego. Rozporządzenie w tej sprawie wydał dr Edward Wilhelm von Wendorff, niegdysiejszy radca prawny ambasady niemieckiej w Warszawie, z nadania władz okupacyjnych pełniący od 1939 roku funkcję komisarza ds. adwokatury. Po rozwiązaniu funkcjonującej w II RP Rady Adwokackiej w Warszawie komisarz powołał Beirat, ciało doradcze złożone z piętnastu mianowanych przez niego adwokatów, a kolejnym posunięciem Wendorffa było wszczęcie procedury mającej na celu skreślenie z listy nie tylko wszystkich prawników pochodzenia żydowskiego, ale także i tych, których małżonki miały żydowskie korzenie. Wykreślenie z listy dotyczyło także prawników, którzy przyjęli na aplikację prawników pochodzenia żydowskiego. Projekt przewidywał usunięcie aż 1131 osób… Aby zachować pozory działania zgodnego z prawem, komisarz zwrócił się do członków Beiratu o wyrażenie opinii w tej sprawie, dając im wyraźnie do zrozumienia, iż opowiedzenie się przeciwko niej zostanie uznane za akt wrogości wobec państwa i narodu niemieckiego. Mimo to czternastu członków Beiratu zagłosowało w kontrze do tej decyzji, za co zostali pozbawieni prawa wykonywania zawodu. Swój protest w sprawie wyraziła także grupa siedemdziesięciu adwokatów warszawskich, wśród których znalazł się i Edmund Wojciechowski. Zdania nie zmienił, nawet kiedy został wezwany do Wendorffa, który groźbami starał się go zmusić do kapitulacji. Wierny zasadom wpojonym mu przez ojca, Edmund pozostał nieugięty. Wkrótce trafił znowu do niemieckiego więzienia. Tym razem jednak Niemcy postanowili wykorzystać go do rozgrywki z byłym prezydentem. Sędziwemu Wojciechowskiemu oświadczyli, że jego syn odzyska wolność, gdy tylko on sam wyda oświadczenie, w którym uzna polski rząd emigracyjny za nielegalny. Prezydent doskonale zdawał sobie sprawę, że odmawiając, ryzykuje życiem swojego dziecka, ale wiedział także, że tym jednym podpisem przekreśliłby całą swoją wcześniejszą działalność i sprzeniewierzył się wszystkim ideałom, które wyznawał, dlatego oświadczenia nie podpisał, za co zapłacił straszliwą cenę. Nie wiadomo, czy Maria starała się nakłonić go do zmiany zdania. Możliwe, że tak było, wszak każda matka zrobi wszystko dla dobra swojego dziecka, ale z drugiej strony niewykluczone też, że popierała decyzję swojego męża, jako że z rodzinnego domu wyniosła przekonanie, iż są sprawy, za które warto oddać życie. W połowie sierpnia 1940 roku Edmund znalazł się w pierwszym transporcie do obozu koncentracyjnego w Auschwitz. Pomimo starań rodziny podjętych bezzwłocznie po otrzymaniu informacji o jego losie syn prezydenta nie przeżył obozowej gehenny — 21 lutego 1941 roku zmarł na tyfus, osierocając dwoje dzieci: trzyletnią Ewę i dwuletniego Stasia.
Owdowiała Izasława nie miała nigdy pretensji do teścia za podjętą decyzję, która przecież kosztowała życie jej męża. Wiedziała, że może liczyć na ich pomoc i opiekę, a Wojciechowscy wspierali ją finansowo, mimo że sami nie żyli w dostatku. Maria, na tyle, na ile pozwalało jej zdrowie, pomagała synowej w wychowaniu wnucząt. Para prezydencka wspierała także innych, zupełnie obcych ludzi, nie wahając się narażać własnego życia. Tak było, kiedy na wieść o planowanych rewizjach w podwarszawskich miejscowościach Wojciechowscy przyjęli do siebie młodziutką Żydówkę, którą wcześniej ukrywała u siebie Zofia. A przecież karą za ukrywanie Żydów była wówczas śmierć…
Po wybuchu powstania warszawskiego Wojciechowscy znaleźli się w tragicznej sytuacji. Pewnego wrześniowego dnia, kiedy powstańczy zryw już dogorywał, a Niemcy zaczęli wypędzać ze zrujnowanej stolicy cywilów, pod dom przy Langiewicza zajechał patrol Wehrmachtu, którego żołnierze dosłownie wtargnęli do mieszkania zajmowanego przez prezydenta i jego żonę. Stojący na czele major doskonale wiedział, z kim ma do czynienia, zainicjował uprzejmą rozmowę z gospodarzami, wymieniając z nimi uwagi na temat wiszących na ścianach obrazów i zwracając się do gospodarza per Herr Professor — „panie profesorze”. W tym samym czasie jego ludzie bezczelnie wynosili z domu co cenniejsze rzeczy. Kiedy major uznał, że nie ma już co kraść, uprzejmie pożegnał się z Wojciechowskimi i