Co ciekawe, hierarchowie ówczesnego Kościoła polskiego, na czele z prymasem Aleksandrem Kakowskim, mieli znacznie lepsze zdanie o prezydencie niż o jego małżonce. Ksiądz prymas darzył Wojciechowskiego wielką sympatią i szacunkiem, natomiast o jego żonie pisał, iż jest to kobieta niewykształcona, zarzucając jej, iż zatruwała swojemu mężowi życie. Zdaniem hierarchy Maria „nie była zdolna prowadzić domu na szeroką skalę. Życie towarzyskie w domu prezydentostwa Wojciechowskich było przeto zgoła wykluczone”19. Jest to opinia bardzo krzywdząca dla bohaterki, chociażby w kwestii zarzucanego jej braku wykształcenia, co nie ma żadnego pokrycia w rzeczywistości. Wojciechowscy faktycznie nie wiedli bujnego życia towarzyskiego, ale wyłącznie z wyboru i bynajmniej nie dlatego, że pierwsza dama nie była w stanie prowadzić domu na odpowiednim poziomie.
Wojciechowski zdaniem wielu był odpowiednim prezydentem na tak niepewne czasy, w jakich przyszło mu sprawować urząd. Jak twierdził Witos, uważano go „powszechnie za człowieka nadzwyczaj prawego i uczciwego, dorastającego przy tym do zajmowanego stanowiska. W krótkim też czasie potrafił on też zdobyć sobie szacunek niemal u wszystkich”20. Mimo to stosunki między nim a Piłsudskim uległy wkrótce znacznemu pogorszeniu. A przecież zaraz po wyborach wydawało się, że ich wzajemne kontakty będą układać się wręcz idealnie, tym bardziej że wkrótce po złożeniu przysięgi przez Stanisława państwo Wojciechowscy udali się z wizytą do Marszałka. Ale szybko między dawnymi przyjaciółmi wszystko się popsuło. Wojciechowski bronił swojej niezależności i nie zamierzał w niczym ulegać dawnemu przyjacielowi, a ten nie chciał być odstawiony na boczny tor. Gestem dobrej woli niewątpliwie było powołanie na stanowisko ministra spraw wojskowych jednego z najbliższych współpracowników Marszałka, generała Kazimierza Sosnkowskiego. Sytuacja zaogniła się, kiedy prezydent nie zgodził się na powołanie Marszałka na oficjalnego wodza sił zbrojnych, jednocześnie popierając postulowaną przez Grabskiego reformę władz wojskowych. Dymisja Sosnkowskiego i powierzenie teki ministra niechętnemu Piłsudskiemu Władysławowi Sikorskiemu ostatecznie popsuły relacje między Komendantem i prezydentem. Odbiło się to rykoszetem na żonie głowy państwa, gdyż ludzie z obozu Piłsudskiego przypuścili na Marię frontalny atak, chcąc zniszczyć jej reputację. W tym celu rozpuszczano wyssane z palca plotki, które przedstawiały Wojciechowską w bardzo niekorzystnym świetle.
Tymczasem do prezydenta docierały pogłoski o planowanym przez piłsudczyków zamachu stanu, ale Wojciechowski puszczał je mimo uszu. Za nic nie chciał uwierzyć, że jego stary druh, który zeswatał go z Marią, mógłby wybrać pozaparlamentarną drogę zdobycia władzy. Zresztą sam bardzo ułatwił Marszałkowi sprawę, powierzając w 1925 roku tekę ministra spraw wojskowych w gabinecie Aleksandra Skrzyńskiego generałowi Lucjanowi Żeligowskiemu, zaprzysięgłemu zwolennikowi Marszałka. A ten, obsadzając funkcje kierownicze w wojsku zaufanymi ludźmi, umożliwił Piłsudskiemu przeprowadzenie zamachu.
Do poważnego kryzysu rządowego doszło na początku maja 1926 roku wraz z upadkiem rządu Skrzyńskiego. Kandydatem na szefa nowego gabinetu ugrupowań prawicowo-centrowych został Wincenty Witos, ale jego osoba nie zyskała aprobaty prezydenta, forsującego Józefa Chacińskiego z Chrześcijańskiej Demokracji lub Jana Dębskiego z PSL „Piast”. Kiedy obaj faworyzowani przez niego kandydaci odmówili, ostatecznie zdecydował się poprzeć Witosa, który sformował swój gabinet 10 maja 1926 roku. Ministrem spraw wojskowych został generał Juliusz Malczewski, człowiek co prawda niezwiązany z obozem piłsudczykowskim, ale mający wyjątkowo słabe rozeznanie w nastrojach panujących w armii, a do tego niedoceniający wpływu oraz autorytetu, jakim cieszył się w jej szeregach Piłsudski.
Zamach stanu, do którego doszło 12 maja 1926 roku, został poprzedzony, jakbyśmy to dzisiaj powiedzieli, przez fake news, czyli nieprawdziwą informację o ostrzelaniu willi Marszałka w Sulejówku. Miało to na celu pozyskanie przychylności opinii publicznej dla szykującej się rewolucji. Piłsudski był w nie najlepszych stosunkach z Wojciechowskim, ale liczył na jego poparcie. Sądził, że jego dawny towarzysz partyjny stanie się bezwolnym narzędziem w jego rękach i będzie legitymizować obalenie rządu Witosa. Zgodnie z pierwotnymi planami oddziały wierne Marszałkowi miały zająć najważniejsze urzędy państwowe i kluczowe mosty w Warszawie, natomiast sam Piłsudski rankiem 12 maja miał się spotkać z prezydentem w Belwederze. Okazało się jednak, że Wojciechowski wyjechał do Spały. W ten sposób zamachowcy utracili element zaskoczenia, dając wojskom wiernym legalnemu rządowi czas na przygotowanie się do obrony. Wbrew temu, co przewidywał Marszałek, część armii opowiedziała się jednak za gabinetem Witosa. W obliczu planowanego zamachu minister spraw wojskowych generał Malczewski mianował generała Tadeusza Rozwadowskiego komendantem obrony Warszawy. W samej stolicy, jak również w województwie warszawskim i powiatach siedleckim oraz łukowskim województwa lubelskiego, wprowadzono stan wyjątkowy.
Wojciechowski, na wieść o wydarzeniach w Warszawie, czym prędzej przyjechał do miasta, by o godzinie siedemnastej spotkać się z Marszałkiem na moście Poniatowskiego. Jak wspomina Wojciechowski, rozmowa toczyła się w dość nerwowej atmosferze: „powitałem go [Piłsudskiego] słowami: stoję na straży honoru wojska polskiego — co widocznie wzburzyło go, gdyż uchwycił mnie za rękaw i zduszonym głosem powiedział — No, no! Tylko nie w ten sposób. — Strząsnąłem jego rękę i nie dopuszczając do dyskusji: — Reprezentuję tutaj Polskę, żądam dochodzenia swych pretensji na drodze legalnej, kategorycznej odpowiedzi na odezwę rządu. — Dla mnie droga legalna zamknięta — wyminął mnie i skierował się do stojącego o kilka kroków za mną szeregu żołnierzy. Zrozumiałem to jako chęć buntowania żołnierzy przeciwko rządowi w mojej obecności, dlatego idąc wzdłuż szeregu do swego samochodu, zawołałem: — Żołnierze, spełnijcie swój obowiązek”21. Opór Wojciechowskiego i jego nieugięta postawa obrońcy praworządności zaskoczyły Piłsudskiego liczącego na bezkrwawe i błyskawiczne przejęcie władzy. Także dalszy rozwój wypadków potoczył się zupełnie nie po myśli Komendanta.
Tymczasem w Warszawie rozgorzały walki uliczne. Wojska wierne Piłsudskiemu do wieczora 12 maja zdołały opanować Pragę i przejąć kontrolę nad kilkoma ważnymi obiektami w stolicy, natomiast siły popierające rząd zgrupowały się wokół siedziby głowy państwa, Belwederu. W takiej sytuacji Marszałek podjął próbę negocjacji z prezydentem, ale spotkał się z jego stanowczą odmową. Wojciechowski liczył, że dzięki posiłkom wojskowym ściągniętym do stolicy uda się odeprzeć zamachowców. Niespodziewanie Piłsudskiego poparło jednak nie tylko PPS, ale nawet komuniści z KPP, a strajk na kolei skutecznie uniemożliwił transport wojsk wiernych rządowi. W obliczu przewagi zamachowców rząd zaproponował prezydentowi przeniesienie najwyższych władz państwa do Poznania i prowadzenie dalszej walki, ale Wojciechowski stanowczo odmówił. Kiedy jednak wojska wierne Marszałkowi opanowały lotnisko, a pociski zaczęły spadać niebezpiecznie blisko Belwederu, zdecydował się na przeprowadzkę do Wilanowa, gdzie zwołał naradę w celu rozpatrzenia możliwości dalszego prowadzenia walk. Obecni na naradzie wojskowi opowiedzieli się oczywiście za kontynuacją zbrojnego oporu, ale członkowie rządu, w tym także sam Witos, byli temu przeciwni. Wojciechowski, wysłuchawszy wszystkich obecnych, uznał, iż dla dobra narodu walki należy przerwać. Podjął decyzję o rezygnacji z urzędu, nie czekając na koniec siedmioletniej kadencji.
Co ciekawe, niektórzy historycy za doprowadzenie do zamachu obwiniają… Marię Wojciechowską. Jak się okazuje, pod koniec kwietnia 1926 roku z oficjalną wizytą do Belwederu z polecenia Marszałka przybył jego adiutant, pułkownik Bolesław Wieniawa-Długoszowski, człowiek zresztą dość kontrowersyjny, nie bez powodu nazywany „pierwszym birbantem II Rzeczypospolitej”. Adiutant Piłsudskiego nie wylewał za kołnierz, ale też lubował się w dysputach prowadzonych z poetami — Lechoniem, Słonimskim i Tuwimem. W ogóle znacznie lepiej czuł się w towarzystwie różnej maści artystów i ludzi pióra niż wśród kolegów wojskowych. Był chociażby stałym bywalcem Ziemiańskiej, warszawskiej kawiarni,