Niezbędnym warunkiem do szerzenia się choroby zakaźnej jest obecność 3 elementów: czynnika zakaźnego, osób wrażliwych na zakażenie i środowiska, w którym występują warunki przeniesienia czynnika zakaźnego na osobę podatną (tzw. triada epidemiologiczna).
Czynnik zakaźny ma swoiste cechy pomocne dla określenia charakteru zakażenia. Chorobotwórczość (patogenność) to jego zdolność do wywoływania choroby, mierzona proporcją liczby osób, u których rozwinęły się objawy kliniczne do liczby osób zakażonych.
Zjadliwość (wirulencja) to zdolność do wywołania ciężkiej choroby, mierzona odsetkiem osób zakażonych, u których choroba ma przebieg ciężki lub prowadzi do śmierci.
Zaraźliwość to zdolność czynnika do inwazji i wytwarzania odczynu infekcyjnego u gospodarza mierzona proporcją osób, które zachorowały, w stosunku do tych, które były narażone.
Dawka infekcyjna jest to ilość czynnika zakaźnego potrzebna do wywołania zakażenia u wrażliwych osób.
Czynnik zakaźny żyje, wzrasta i rozmnaża się w naturalnym środowisku bytowania, zwanym rezerwuarem. Rezerwuar może odnosić się do ludzi – przykładem jest zakażenie wirusem odry czy ospy wietrznej. Osoba zakażona, w której organizmie znajduje się czynnik zakaźny, będąc „przypadkiem”, może jednocześnie być czynnikiem ryzyka, a ściślej źródłem zakażenia dla innych. W źródle zakażenia odbywa się namnażanie drobnoustroju. Unieszkodliwienie źródła zakażenia, podobnie jak przerwanie drogi przenoszenia bądź wzrost odporności populacji, stanowi kluczowy element w odniesieniu do kontroli chorób zakaźnych.
Ważnym pojęciem w epidemiologii chorób zakaźnych jest nosicielstwo, czyli stan specyficznej równowagi immunobiologicznej między patogenem a zakażonym organizmem. W organizmie nosiciela przebywa czynnik zakaźny, który może być przenoszony na innych, przy czym u nosiciela nie występują objawy chorobowe. Wyróżnia się nosicieli zdrowych, którzy nie chorowali i nie spostrzegano u nich zaburzeń czynności organizmu (nosicielstwo meningokoków w gardle) i nosicieli ozdrowieńców, którzy chorowali i wydzielają patogen w okresie rekonwalescencji pochorobowej (nosicielstwo pałeczek Salmonella sp. w kale). Nosicieli można również podzielić na stałych, którzy, jak w przypadku nosicielstwa pałeczek Salmonella typhi, choć pozostają klinicznie zdrowi, wydalają patogeny chorobotwórcze przez długi czas (miesiące, lata) oraz okresowych, wydalających patogeny jedynie periodycznie. Nosiciel może nie zachorować lub zachorować po określonym czasie (zakażenie HBV, HCV, HIV).
Rezerwuarem patogenów chorobotwórczych mogą być także zwierzęta (np. gryzonie są rezerwuarem dla pałeczek dżumy), rośliny lub inne środowisko, np. gleba (rezerwuar dla zarodników wąglika) czy woda (rezerwuar dla przecinkowca cholery).
Choroby zakaźne mają liczne cechy, które odróżniają je od chorób niezakaźnych. Między innymi mogą być transmitowane od jednej osoby do drugiej – wówczas zapadalność na daną chorobę zależy od liczby zakażonych osobników w populacji. Miejsca, którymi drobnoustroje wnikają do organizmu gospodarza (wszystkie otwory naturalne, skóra) noszą nazwę wrota zakażenia.
Drogi szerzenia chorób zakaźnych można podzielić na bezpośrednie, gdy następuje natychmiastowy transfer patogenu do właściwych wrót zakażenia (podawanie ręki, pocałunki, kontakty seksualne, kontakty z pacjentami podczas procedur medycznych, transfuzje krwi, droga łożyskowa, pochwowa) oraz pośrednie (przez przedmioty codziennego użytku, sprzęt medyczny, droga wodno-pokarmowa, powietrzno-kropelkowa, za pośrednictwem owadów, gleby).
Przydatną miarą transmisyjności drobnoustroju (potencjału do rozprzestrzeniania się), pozwalającą dokonywać oceny interwencji dotyczących chorób zakaźnych, jest podstawowa liczba odtwarzania (R0), czyli teoretyczna liczba osób, której każdy chory przekazuje zakażenie przy założeniu, że wszystkie kontakty są z osobnikami podatnymi. Przykładowo R0 dla grypy wynosi 2–3, dla odry zaś 12–18. W rzeczywistości część populacji jest już zwykle uodporniona na drobnoustrój chorobotwórczy. Wówczas przewidywana liczba nowych przypadków, powstałych w wyniku zakażenia przez osobę zarażającą, wynosi mniej niż R0 i jest oznaczana jako R.
Nasza podatność na zakażenie zależy m.in. od wieku, płci, stanu odżywienia, czynników genetycznych, mechanizmów odpornościowych. Oprócz indywidualnej odporności należy wspomnieć o odporności zbiorowiskowej, inaczej populacyjnej, której istotą jest zmniejszanie się szans zachorowania osobnika nieuodpornionego wraz ze wzrostem proporcji uodpornionych w danej populacji. To, czy ulegnie się zakażeniu wirusem grypy w sezonie epidemicznym, zależy w dużej mierze od liczby osób zakażonych w otoczeniu. Co oznacza, że jeśli wiele osób w populacji będzie zaszczepionych – szansa pojedynczego osobnika na zakażenie zmaleje, nawet w sytuacji, gdy sam nie został zaszczepiony.
Wynikiem nabycia zakażenia może być wystąpienie objawów chorobowych po określonym czasie od narażenia na czynnik zakaźny zwanym okresem wylęgania. Jego długość jest różna w zależności od patogenu. Okres zakaźności, w którym osoba zakażona wydala czynnik zakaźny, stanowiąc źródło zakażenia, może w zależności od zakażenia wykraczać poza czas występowania objawów.
Kolejną cechą, charakterystyczną dla chorób zakaźnych jest konieczność podjęcia szybkiego działania w chwili otrzymania sygnału o wybuchu epidemii. Zignorowanie go może skutkować trudnościami w opanowaniu zagrożenia. Epidemia to występowanie większej od oczekiwanej liczby przypadków choroby w określonym miejscu lub w określonej populacji w danym przedziale czasowym. Epidemia obejmująca duże obszary (liczne kraje lub kontynenty), czemu towarzyszy zwykle wysoka zapadalność, nosi nazwę pandemia (pandemia grypy, w tym A H1N1, HIV/AIDS, SARS, Zika). Pojęcie epidemii należy odnosić nie tylko do sytuacji, w których liczba zachorowań jest znaczna. Epidemię można rozpoznać na podstawie kilku przypadków zakażeń norowirusowych na oddziale szpitalnym, ale nie będzie to właściwe w przypadku kilkuset zachorowań na grypę w wielkiej aglomeracji.
Endemia to stała obecność czynnika zakaźnego lub choroby na danym obszarze lub w określonej populacji. Wiąże się ona z niezmienną lub nieznacznie zmieniającą się zapadalnością. W odniesieniu do Polski przykładem choroby endemicznej jest ospa wietrzna.
Przy endemii średnia liczba przypadków reprodukowanych przez jednego zakażającego wynosi około 1 (R = 1). Jeżeli R < 1, endemia (lub epidemia) wygasa, natomiast jeśli zaistnieją odpowiednie warunki u gospodarza lub w jego środowisku, może dojść do wybuchu epidemii (R > 1). Choroby endemiczne, takie jak cholera, malaria czy denga, mogą stanowić problem zdrowotny, szczególnie w krajach rozwijających się.
Ze względu na charakter rozprzestrzeniania wyróżnia się epidemie z jednego źródła, gdy grupa podatnych osobników jest eksponowana na jedno źródło zakażenia, epidemię postępującą (propagacyjną), gdy następuje wprowadzenie czynnika zakaźnego do wrażliwej populacji z następowym namnażaniem się patogenu w organizmach osób zakażonych i przekazywaniem go od osoby do osoby (wzrost liczby przypadków jest wolniejszy niż w epidemii z jednego źródła) oraz epidemię mieszaną, która łączy cechy epidemii ze wspólnego źródła z postępującym szerzeniem się z jednej osoby na drugą. Odmianą epidemii z jednego źródła jest epidemia punktowa, gdy grupa osób eksponowana jest mniej więcej jednoczasowo, co powoduje gwałtowny wzrost liczby nowych przypadków choroby po czasie odpowiadającym okresowi wylęgania.
Tradycyjnymi przykładami epidemii z jednego