W dalszym toku panowania Manuela pojawiły się kolejne niezwykle ważne zadania, które mógł powierzyć jedynie swojej eskadrze i jej okrętom. Gdy w 1159 r. zmarła pierwsza żona Manuela, Irena-Berta, cesarz rozpoczął poszukiwania nowej małżonki173. Z przyczyn politycznych skupił swoją uwagę nie na zachodzie, ale w chrześcijańskim Lewancie i miejscowych rodzinach panujących. Początkowo skierował swój wzrok na Trypolis, do którego wysłał posłów174. W 1160 r. wysłał kolejnych swoich legatów prócz Trypolisu w Libanie, także do Jerozolimy175. Wysłannikom cesarza przewodził Jan Kontostefan, a towarzyszył mu Teofilakt176. W Trypolisie posłom zaoferowano Melissandrę, córkę hrabiego Rajmunda II (1137–1152), która została pierwszą kandydatką na przyszłą augustę177. Kolejną stała się Maria z Antiochii. Manuel do Antiochii wysłał Bazylego Kamaterosa, dowódcę służących w gwardii cesarskiej Waregów, aby ten ocenił księżniczkę178. Maria musiała wywrzeć na Kamaterosie pozytywne wrażenie, dlatego wysłano do Antiochii z Konstantynopola w celu negocjowania warunków małżeństwa, kolejnych posłów: Aleksego Bryenniosa Komnena i Andronika Kamaterosa179. Król Jerozolimy i Rajmund III (1140–1187) z Trypolisu, forsowali jednak dalej kandydaturę Melissandry180. Posłowie Komnena z racji urody oraz pewnego pochodzenia wybrali Marię i we wrześniu 1161 r. jej cesarski dromon wyruszył z portu św. Szymona do Bizancjum181. Śmierć sycylijskiego króla Wilhelma I (1154–1166) wymusiła zwiększenie aktywności dyplomatycznej ze strony Manuela na obszarze Italii. Bizantyński bazyleus wysłał w maju 1166 r. poselstwo do nowego króla Wilhelma II (1166–1189), którego celem było odnowienie pokoju normańsko-bizantyńskiego, jaki miał zostać wzmocniony przez małżeństwo sycylijskiego władcy z córką Manuela Marią182. Do mariażu jednak nie doszło, choć pokój został utrzymany183.
Manuel powierzał swoim ludziom ze służącej jego potrzebom eskadry różne niezwykle ważne zadania. Najważniejszym była ochrona jego osoby i dostarczenie cesarzowi możliwości bezpiecznego przemieszczania się po morzu, aż do punktów docelowych, leżących poza stolicą. Okręty z jego eskadry zapewniały mu także ruchome centrum dowodzenia, wraz z namiastką dworu, o czym świadczy przewożenie na ich pokładach rzeczy należących do bazyleusa, w tym tych w kolorze purpury. Wątpić należy, że cesarz posiadał swoją kajutę, bo okręty bizantyńskie nie miały na pokładach tyle miejsca, aby zmieścić dodatkową konstrukcję. Bardziej prawdopodobne wydaje się rozbijanie na pokładzie wybranego okrętu specjalnego namiotu dla cesarza, chroniącego go przed wpływem warunków atmosferycznych. Kolejnym niezwykle ważnym zastosowaniem eskadry było przewożenie ważnych osobistości, jak na przykład Konrada III, cesarza niemieckiego, czy Marii z Antiochii, narzeczonej Manuela I. Okręty przeznaczone do tego celu miały za zadanie podkreślać potęgę i moc majestatu Bizancjum oraz samych Komnenów. W podobny sposób wyglądać musiały okręty legatów, których Manuel wysyłał zarówno na Sycylię, do Palestyny i Syrii, gdzie pokaz potęgi oraz bogactwa Bizantyńczyków miał szczególnie zadanie propagandowe.
Śmierć Manuela spowodowała zmiany w sposobie funkcjonowania sił morskich, także eskadry z Konstantynopola. Przyszły cesarz, Andronik I Komnen (1183–1185), w 1182 r. zgromadził na azjatyckim brzegu Bosforu armię, przy pomocy której chciał zająć stolicę184. Uzurpator nie posiadał jednak żadnej floty. Protosebastos Aleksy Komnen, który w tym momencie dzierżył ster państwa w imieniu małoletniego bazyleusa, zaczął gromadzić siły morskie, w celu odcięcia przepraw przez ową cieśninę, oddzielającą Azję Mniejszą od Europy185. W ich skład wchodziły jednostki z cesarskiej floty ze stolicy (zapewne również z eskadry podległej samemu bazyleusowi), a także okręty należące do mieszkających w Konstantynopolu przedstawicieli komun włoskich, głównie z Pizy186. Na czele tych sił morskich stanął megaduks Andronik Kontostefan, który na swoje stanowisko mianowany został przez poprzedniego cesarza. Kontostefan wywiązał się z powierzonego mu zadania i zablokował całkowicie ruch przez Bosfor. Zdawać się mogło, że Andronik skończy swój los w podobny sposób, jak większość uzurpatorów przed nim. Niestety, Kontostefan przeszedł na stronę Andronika Komnena, zabierając ze sobą wszystkie duże okręty (makrás néas), którymi dowodzili Bizantyńczycy187. Wszechwładny protosebastos został obalony i oddany Andronikowi, który rozkazał go oślepić188. Andronik Komnen wprowadził terror, za który ludzie go znienawidzili i gdy okazało się, że nie będzie w stanie opanować buntu w stolicy, w 1185 r. postanowił uciec do Rusów. Wsiadł w tym celu na okręt (zapewne z interesującej nas eskadry), lecz niepogoda uniemożliwiła mu wypłynięcie na Morze Czarne. Został pojmany i przewieziony łodzią do Wieży Anemasa, gdzie go uwięziono189. Historia zatoczyła koło, bowiem ta sama flota imperialna, która zapewniła mu władzę nad stolicą, przyczyniła się do jego zguby.
Jak widać z przytoczonych wyżej informacji, istnienie eskadry w Konstantynopolu, podległej cesarzom z dynastii Komnenów, było jednym z elementów ich morskiej polityki. Aleksy I nie był pod tym względem jakimś innowatorem, bowiem jego poprzednicy dysponowali swoimi własnymi okrętami, przeznaczonymi do realizowania ich potrzeb190. Jedyną nowością, jaką wprowadził, było połączenie tej eskadry z osobami megaduksów, którzy za jego panowania stali się faktycznymi dowódcami sił morskich cesarstwa bizantyńskiego. To właśnie wodzowie w tej randze byli odpowiedzialni za jego osobiste bezpieczeństwo na morzu, wybierając do tego celu właściwych kapitanów, którzy obsadzali okręty cesarskie. W podobny sposób megaduksowie postępowali również za panowania Manuela, gdy to zapewne oni sugerowali cesarzowi, któremu z kapitanów z eskadry powierzyć poszczególne zadania. Te były ściśle określone i znając istniejący materiał źródłowy, możemy je ułożyć pod względem ważności w następujący sposób:
1. Transport osoby cesarza i jego najbliższej rodziny, na linii Azja Mniejsza i Europa.
2. Przewóz kandydatek na cesarskie żony do Konstantynopola.
3. Transport gości cesarza, w tym koronowanych głów, które odwiedzały cesarstwo.
4. Transport poselstw, poczty do Europy Zachodniej i do Lewantu.
5. Potencjalne zadania bojowe, w których eskadra włączona była w skład większych sił floty cesarskiej. Działo się tak, jedynie gdy cesarz osobiście udawał się na front, leżący w pobliżu jakiegoś akwenu morskiego, czy cieku śródlądowego.
6. Misje specjalne (patrz sprawa Gabrasa; wywiezienie do miejsc odosobnienia uzurpatorów z rodziny cesarskiej).
Eskadra cesarska w dobie rządów Komnenów w XII stuleciu najczęściej realizowała zadanie pierwsze i piąte, które