Wydaje się, że różne społeczeństwa zamieszkujące doliny Oaxaki połączyły się ok. 500 r. p.n.e., co mogło dać początek wspólnemu organizmowi politycznemu z siedzibą w Monte Albán. Rzeczywiście to możliwe, że trzy dzielnice tego miasta, rozdzielone strefami publicznymi, reprezentowały rody wywodzące się z trzech dolin: Etla, Mitla-Tlacolula i Valle Grande. W pierwszej fazie rozwoju tego ośrodka (500–200 p.n.e.) na wzgórzu, na którym miało zostać wybudowane Monte Albán, przeprowadzono ogromne prace przy wyrównywaniu poziomu gruntu. Łączyło się to z tytaniczną pracą, która musiała być organizowana przez centralną siłę polityczną, cieszącą się znacznym autorytetem. Szacuje się, że ok. 200 r. p.n.e. w Monte Albán mieszkało 5 tys. osób, podczas gdy drugorzędne ośrodki w dolinach liczyły do 200 osadników. Najbardziej charakterystyczną strukturą miasta z tej epoki jest Budynek Tancerzy (Edificio de los Danzantes), na którym umieszczono 300 płaskorzeźbionych płyt kamiennych przedstawiających okaleczonych jeńców, a niektóre z nich zawierają teksty hieroglificzne. Płyty 139, 140 oraz 141/104 stanowią dowód na to, że zapoteccy26 skrybowie rejestrowali daty kalendarza liczącego 260 (cykl piye) i 365 (cykl yza) dni, a datom tym towarzyszyły liczebniki zapisywane za pomocą kresek i kropek, jak również złożone teksty zawierające czasowniki oraz nazwy podmiotów i dopełnień. W tym czasie na północnych, północno-wschodnich i zachodnich zboczach Monte Albán wybudowano długi na 3 km mur obronny, powstały też wtedy pierwsze kamienne groby.
W drugiej fazie rozwoju (200 p.n.e. – 250 n.e.) ludność Monte Albán osiągnęła liczbę 14 tys. mieszkańców. W epoce tej rola miasta jako głównego ośrodka regionalnej tożsamości mogła być jeszcze bardziej widoczna jako odpowiedź na znaczenie i wpływy wywierane przez Teotihuacan. Główny plac Monte Albán został ukończony i wybrukowany kamieniami, podczas gdy dwusalowe świątynie świadczą o wykształceniu oficjalnego kultu państwowego. 140 płaskorzeźbionych płyt kamiennych umieszczonych na Budowli J stanowi pisany rejestr wojen lub podbojów i choć żadnej z tych inskrypcji formalnie nie odczytano, przypuszcza się, że wśród podbitych ośrodków znajdowały się Cuicatlan i Tototepec. Uważa się, że w owej epoce Monte Albán liczyło 2899 zwykłych domów i 57 rezydencji elity (wiele pomieszczeń wokół dziedzińca), a warstwy społeczne były bardzo zróżnicowane. Zdaniem badaczy na tzw. Platformie Północnej stał pałac, który był siedzibą władz. Dach jednej z sal podtrzymywany był przez kolumny i monumentalne pilastry. Wypada wspomnieć, że w mieście nie odnaleziono żadnego targu ani śladów wyspecjalizowanej produkcji rzemieślniczej.
W dolinach przylegających do Monte Albán istniało wiele ośrodków drugo – i trzeciorzędnych, chociaż w oewj epoce były one większe i bardziej rozbudowane niż w poprzedniej fazie. Najważniejszym z nich było San José Mogote, w którym znajdowały się boiska do gry w piłkę, pałace, świątynie i plac o wymiarach 300 na 500 m.
Mimo iż środkowa część dzisiejszego stanu Veracruz była gęsto zasiedlona w późnym okresie preklasycznym, od początku I w. n.e. wystąpiło tu zjawisko identyczne z tym, które obserwowaliśmy na centralnym płaskowyżu Meksyku, ponieważ znaczne obszary szybko uległy wyludnieniu i dotyczyło to nawet tak ważnych ośrodków jak Las Higueras i Santa Lucía. Do takiej sytuacji przyczyniło się prawdopodobnie to, że w okresie protoklasycznym (100–300 n.e.) dochodziło do przemieszczania się ludności w miejsca zasobne i strategicznie istotne z punktu widzenia handlowego, zwłaszcza do El Pital, leżącego w dolnym biegu rzeki Nautla ośrodka o imponujących rozmiarach. W czasie rozkwitu, który trwał aż do okresu klasycznego wczesnego, El Pital liczyło ponad 100 budynków o wysokości sięgającej nawet 35 m, miało co najmniej osiem boisk do gry w pelotę, monumentalne świątynie zgrupowane wokół placów, wydłużone platformy i rozległy system „podniesionych pól” nawadnianych kanałami. U schyłku okresu preklasycznego El Pital miało znaczącą liczbę mieszkańców, a jego powstanie prawdopodobnie należy łączyć z politycznym i handlowym wpływem Teotihuacan.
Na południowym wschodzie stanu Veracruz i na zachodzie stanu Tabasco nadal były zamieszkiwane niektóre dawne ośrodki olmeckie. Tak było w przypadku Tres Zapotes, którego rozkwit przypadł na okres 400 p.n.e. – 300 n.e. Z tej samej epoki pochodzi Cerro de las Mesas, ale jego świetność trwała także w okresie klasycznym wczesnym. Ludy zamieszkujące ten region posługiwały się złożonym systemem zapisu znanym jako pismo przesmyku. Chociaż jeszcze go nie odczytano, istnieją mocne argumenty za tym, że służyło do zapisu języka pochodzącego od protozoque. Brak danych stratygraficznych nie pozwala powiedzieć nic więcej na temat kontekstu owych inskrypcji, aczkolwiek niektóre z nich mają daty zapisane zgodnie z Długą Rachubą (zob. s. 81), co pozwala je precyzyjnie datować. Oprócz już wspomnianych Steli 2 z Chiapa de Corzo (36 p.n.e.) i Steli C z Tres Zapotes (32 p.n.e.) długością tekstów hieroglificznych wyróżniają się także Stela 1 z La Mojarra (156 n.e.) i Statuetka z Tuxtli (162 n.e.). Kanciasty styl znaków graficznych oraz ogólnie niewielka liczba zabytków pisanych prowadzą do wniosku, że większość tekstów ryto w drewnie. Aktualne dane wskazują, że pismo przesmyku było w użyciu w późnym okresie preklasycznym i klasycznym wczesnym. Niedawne badania sugerują, że pierwsi majowscy skrybowie zaczerpnęli z tego właśnie pisma repertuar znaków graficznych i zaadaptowali je do swojego języka, czemu mogła sprzyjać nie tylko bliskość geograficzna obu kultur, lecz także fakt, że teksty zapisane pismem przesmyku prawdopodobnie miały znaki fonograficzne o strukturze CV (spółgłoska plus samogłoska), co dobrze odpowiadało charakterowi języków z rodziny mayance. W każdym razie ludy zamieszkujące przesmyk Tehuantepec stosowały Długą Rachubę wcześniej niż Majowie.
Ocenia się, że między rokiem 500 a 300 p.n.e. Izapa została ponownie zajęta przez ludzi mających styczność z mixe-zoque. Szczyt rozwoju tego ośrodka przypada na lata 300–50 p.n.e., kiedy wybudowano większość Zespołu Głównego, składającego się z ziemnych platform obłożonych otoczakami rzecznymi i licowanych cegłą adobe lub gliną. Obszar ten służył do odprawiania ceremonii i do grzebania zmarłych. Z tej epoki pochodzą słynne rzeźbione zabytki (ołtarze i stele) z przedstawieniami o charakterze mitologicznym. Współcześni badacze powołują się na szczególny styl tych obiektów (styl Izapa), gdy z grubsza odnoszą się do scen rzeźbionych przez Majów i ludy z wybrzeża Pacyfiku w okresie preklasycznym późnym.
Na wybrzeżu Gwatemali po upadku La Blanca jako główny ośrodek prowincji mixe-zoque umocniło się El Ujuxte. Tamtejsze monumentalne platformy z ziemi składają się na regularną siatkę ulic, które przecinają się pod kątem prostym, co rzadko występuje w ośrodkach przedhiszpańskich mezoamerykańskiego południowego wschodu. Swoje kulturowe apogeum El Ujuxte osiągnęło między rokiem 400 p.n.e. a 100 n.e.
Większym ośrodkiem było Tak’alik Ab’aj, którego centrum składa się z dużych tarasów schodkowych, zorientowanych zgodnie z osią północ–południe. Przypuszcza się, że w latach 400–200 p.n.e. rządzone było przez dynastię mixe-zoque. Od tej ostatniej daty aż do roku 150 n.e. można dostrzec drastyczną zmianę w planach zagospodarowania przestrzennego i architektonicznego, jak również pojawienie się rzeźbionych konstrukcji z portretami rządzących, a także tekstów pisanych i przykładów Długiej Rachuby (najsłynniejsza jest Stela 5, która nosi datę odpowiadającą 126 n.e.). Wysuwano teorie, że od 200 r. p.n.e. Tak’alik Ab’aj było rządzone przez ludzi powiązanych z kulturą majowską, chociaż ciągłość ceramiki Ocosito i pewne cechy epigraficzne Steli 5 wskazują, iż w całym okresie preklasycznym późnym charakter populacji utrzymał się bez żadnych istotnych zmian. Dowodem na to, że przynajmniej w latach 400–200 p.n.e. mówiono tutaj jednym z języków mixe-zoque, jest Ołtarz 48, ponieważ znajdujące się na nim inskrypcje odzwierciedlają