Еще одна особенность взглядов Бэкона, которая позволяет говорить о нем, несмотря на его приверженность к оккультизму, как об одном из основателей современной науки, касается не столько содержательной стороны науки, сколько ее организационной стороны. Как уже говорилось выше, в эпоху Возрождения на смену средневековым религиозным университетам пришли гуманистические академии; параллельно формировались сетевые структуры интеллектуалов («Республика Учености», или «невидимый колледж») и тайные общества с концентрической структурой. Все это были негосударственные институты, действующие независимо от официальной Церкви и часто против нее. У Бэкона речь идет о создании легального института, тесно связанного с монархической властью и официальной церковной иерархией, и действующего в государственных интересах. Это – колоссальный шаг вперед, к созданию науки современного типа. Эти идеи Бэкона привели к появлению Королевского научного общества и способствовали последующему превращению Великобритании в ведущую мировую державу. В то же время бэконовский Дом Соломона имеет черты, которые сближают его с современным масонством. Прежде всего, эта организация представляет собой Орден, имеющий иерархическое устройство: высший уровень составляют «отцы» Дома Соломона; на следующем уровне стоят ученые, проводящие конкретные исследования; еще ниже – послушники, ученики и слуги. Такая же трехуровневая структура была принята впоследствии в Великой Ложе Англии и во всем «регулярном» масонстве. В научном ордене Бэкона переход индивида на более высокий уровень происходит в результате решения, которое принимается на этом уровне, то есть путем кооптации. По сути дела, такая же процедура имеет место в науке при присвоении ученых званий и в масонстве при повышении масонских степеней.
Вторая черта Дома Соломона, сближающая его с масонством, состоит в том, что, имея поддержку правительства и влияя на государственную политику, эта организация неподконтрольна правительству (члены Ордена сами решают, что сообщать ему, а что не сообщать); о контроле со стороны общества речь вообще не идет. При этом Бэкон многократно сравнивает Якова I с царем Соломоном, давая тем самым понять, что организация, к созданию которой он призывает, должна находиться под защитой короля и, более того, возглавляться королем. В последующем именно так и обстояло дело с английским масонством. Высшим