В 1803 г. под влиянием Массенбаха было издано «наставление для службы генерал-квартирмейстерского штаба», которое предусматривало разработку плана войны, изучение вероятных противников, а также изучение позиций на своей территории. Однако прусский генерал-квартирмейстерский штаб оказался неподготовленным к войне с Наполеоном в 1806 г.
Только после разгрома Пруссии Шарнгорст, ставший во главе военного министерства, на основе социальных реформ в стране провел ряд мероприятий по укреплению генерального штаба, переименованного из генерал-квартирмейстерского, и расширению сферы его деятельности. В тесном сотрудничестве с Шарнгорстом состояли Гнейзенау, а также Клаузевиц, Грольман и другие ученики его по военной академии (реорганизованной из «дворянской»), где Шарнгорст состоял преподавателем, а затем начальником.
Штабные офицеры, находившиеся ранее в качестве адъютантов при генералах, после создания бригад, дивизий и корпусов распределены были непосредственно в войска, причем для получения права на занятие должности генерального штаба был установлен определенный служебный и даже научный стаж, и наряду с офицерами из феодального дворянства в генеральном штабе появляются представители буржуазии, которые восприняли новую военную систему, приближавшуюся к французской.
Австрийский генерал-квартирмейстерский штаб, организованный по прусскому образцу еще в 1766 г. и комплектуемый из числа окончивших военную академию и прошедших стажировку в войсковых частях, не обнаруживал положительных качеств ни в войнах с французской революцией, ни в Наполеоновских войнах. В Итальянскую кампанию, где Наполеон, по утверждению австрийских руководящих генералов, действовал «не по правилам», штабные офицеры слишком мало были осведомлены о силах и группировке французских войск и не сумели обеспечить связи между раздельно наступавшими колоннами своих войск. Точно так же австрийский генерал-квартирмейстерский штаб оказался несостоятельным в Ульмской и Аустерлицкой операциях.
Усилия эрцгерцога Карла по реорганизации армии к повышению квалификации офицеров немного дали в отношении укрепления австрийского генерального штаба, деятельность которого в эпоху Наполеоновских войн была весьма бледной. Вообще деятельность австрийского генерального штаба во время войны крайне затруднялась вследствие постоянного запаздывания