К 1799 г., когда во главе Франции становится диктатор Наполеон, генеральный штаб французской армии насчитывал в своем составе 850 чел., включая сюда работников главного штаба армии, штабов дивизий, штабов специальных родов войск, флигель-адъютантов Наполеона, весь генералитет, а также начальников военно-административных управлений.
Впрочем, дальнейший период Наполеоновских войн характеризуется упадком деятельности французского генерального штаба. Всю творческую работу по управлению войсками Наполеон всецело брал на себя, оставляя слишком мало места для инициативы своих генералов и штабов. Функции последних сводились только к передаче приказаний. Упразднив в институте генерального штаба звание батальонного командира, Наполеон лишил молодых офицеров перспектив в смысле продвижения по службе, что привело к массовому переходу их в строй. Наполеон вскоре понял свою ошибку, и производство в звание батальонного командира продолжалось, но большинство офицеров, накопивших навыки в штабной работе, уже были вне генерального штаба.
Недооценка Наполеоном генерального штаба в значительной степени вызвана личностью его бессменного начальника штаба – маршала Бертье, бывшего генштабиста королевской армии, склонного больше к выполнению технической стороны управления, чем творческой. Учитывая слабый уровень военного развития Бертье и отсутствие у него широты кругозора, Наполеон, однако, высоко оценивал его огромное терпение, неутомимость в работе, аккуратность в выполнении приказаний и его усилия для поддержания связи с корпусами. В творческом сотрудничестве своего начальника штаба Наполеон не нуждался, а его качества технического работника делали Бертье незаменимым. Бертье неотлучно находился при Наполеоне, докладывая ему поступавшие донесения от маршалов и передавая последним приказания Наполеона, который диктовал ему директивные письма своим маршалам. Об оперативных замыслах Наполеона Бертье обычно не знал. Отсюда – установившаяся у Наполеона склонность к использованию генерального штаба как технического органа управления.
Небрежность в использовании штабов Наполеоном особенно выразилась в 1812 г., когда он поручил офицерам генеральное штаба наблюдать за работами по погребению трупов, отравлявших воздух в окрестностях Вильны.
Особым расположением Наполеона пользовались инженеры-географы. Один из них, полковник Баклер д’Альб, являлся постоянным сотрудником Наполеона, наносившим на карту обстановку при помощи флажков.
Впоследствии, во время пребывания на острове Св. Елены, Наполеон сам осудил свою систему использования генерального штаба, признав, что недооценка генерального штаба являлась одной из причин его неудач в последние годы империи, а вспоминая Бертье, он говорил: «это гусак, которому я придал вид орла».
Перед походом в Россию штабы начали заполнять представители так называемой