Учитывая крайне напряженные отношения между основными командирами, едва ли можно было надеяться на успешную кампанию. В распоряжении Дона Хуана был флот, почти такой же, как в предыдущем году, – 194 галеры, 8 галеасов и 45 парусников, но он почти ничего не достиг. Для начала он покинул Корфу только 8 сентября, хотя Колонна привел свой флот 31 августа. С целью усугубить положение, он потратил неделю, чтобы добраться от островов Стривали, расположенных всего лишь в 150 милях к югу. Наконец, его флагманский корабль так плохо управлялся, что после ночного перехода протяженностью менее 50 миль утром 17 сентября он прибыл к месту на греческом побережье, расположенному более чем в 20 милях от намеченного места высадки.
Некоторые турки пребывали в хорошо защищенном порту Модон, другие – в открытой Наваринской бухте, что в нескольких милях к северу. Об этом сообщили разведчики христиан, и было решено идти к острову Сапиенца, что к югу от Модона и достаточно близко к гавани, чтобы не позволить противнику из Наварина укрыться там. К сожалению, рассвет 17 сентября застал флот не у Сапиенцы, а у Продано, другого острова, расположенного к северу от Наварина, так что ничто не помешало наваринским туркам присоединиться к остальному флоту в Модоне. Их пытался преследовать Колонна и несколько других галер, но они не получили поддержки, и появление Килич Али с 50 галерами на входе в бухту Модона заставило их уйти.
Следующие три недели прошли в незначительных стычках в море. На суше имела место лишенная энтузиазма попытка захватить маленький форт в районе Наварина силами десантного отряда. Не единожды отдельные турецкие галеры выходили из Модона, и их оттесняли обратно, но главные силы флота противника так и не вышли в море. Составлялись разные планы нападения на Модон, с суши или моря, и была даже сделана попытка преобразовать пары галер в плавучие батареи, чтобы помочь в этом, но в отношении плана атаки единого мнения так и не было достигнуто, и в результате ничего не было сделано. Дело ближе всего подошло к общему сражению 7 октября, в годовщину Лепанто. Венецианский парусник прошел совсем рядом с входом в Модон, и 25 турецких галер были высланы для нападения на него. Дон Хуан послал Колонну с одной дивизией на помощь, а Санта-Крус с другой дивизией направился, чтобы отрезать противнику путь к отступлению. Сам Дон Хуан приготовился встретить главные силы турецкого флота, если он все же выйдет в море. Все было тщетно. Килич Али быстро отозвал свои галеры, и только одна из них была отрезана и захвачена Санта-Крусом.
Это было последнее морское действо Священной лиги. На следующий день Дон Хуан приказал всему флоту возвращаться на Корфу. Два дня было проведено у Занте, еще два – на Кефалонии. Рано утром 19 сентября, после ненастной ночи, когда папская галера «Сан-Пьетро» потерпела