Дон Хуан перезимовал в Мессине, где ожидал, что к нему присоединятся «западные» контингенты его флота. В начале мая он жаловался на неприбытие Колонны с папскими галерами и уже собрался следовать на восток без них, но когда Колонна наконец прибыл, положение изменилось. Колонна стремился выйти в море немедленно, а Дон Хуан раз за разом откладывал уход.
На самом деле Колонна пришел в Мессину с 14 галерами 2 июня. Санта-Крус с 36 неаполитанскими галерами прибыл на день или два позже. За ним подоспел Соранцо с 24 венецианскими галерами с Корфу и 3 мальтийские галеры под командованием Джустиниани19. Дон Хуан назначил выход в море на 12 июня, потом перенес срок сначала на 15-е, потом на 22-е, после чего уведомил Колонну и Соранцо, что получил приказ из Испании оставаться на Сицилии.
Соответствующие приказы были доведены до его сведения двумя письмами, датированными 17 и 19 мая. В первом говорилось о ситуации в Нидерландах, где «морские попрошайки» обосновались в порту Брилле, и опасности французского вмешательства на их стороне. Дону Хуану было приказано использовать в качестве повода для задержки отсутствие Дориа и болезнь его заместителя, герцога Сесса. Во втором письме Дона Хуана уполномочивали сообщить венецианцам, что смерть папы изменила ситуацию в Лиге и он должен оставаться в сицилийских водах, пока не прояснится положение дел.
Одновременно ему поручили начать подготовку к операциям против Бизерты, Туниса и Алжира, если отношения с Францией позволят их выполнить.
В письме, подтверждающем получение инструкций короля, Дон Хуан выдвинул два аргумента, показывающие, насколько слабыми были узы дружбы между Венецией и Испанией. Он предположил существование опасности, что турки могут заручиться помощью венецианцев в отражении атаки на Алжир, и отметил, что будет трудно получить запасы, которые уже находятся на Корфу, то есть под венецианским контролем. Однако он послал Санта-Круса с 34 галерами эскадры, чтобы сопроводить снабженческие суда с Корфу в Мессину.
Колонна, Соранцо и папский легат тщетно убеждали его не подчиняться этим приказам, в то время как новый папы писал «пламенные письма», а венецианцы послали специальное посольство к испанскому королю, которое просило его отменить приказы. Все, что мог сделать Дон Хуан, – это позволить венецианским и папским галерам идти на Корфу без него и отправить вместе с ними 18 испанско-итальянских галер под командованием Жиля де Андраде. Этот флот, под общим командованием Колонны, вышел из Мессины 7 июля и прибыл на Корфу 15-го, по пути встретив Санта-Круса и приняв еще 4 галеры из его эскадры.
Дон Хуан с оставшимся флотом вышел из Мессины почти одновременно, приготовившись к нападению на Тунис, но вместо этого получил новые приказы, отменяющие предыдущие и предписывающие ему идти на восток. Они были датированы 4 июля и доставлены получателю 16-го. Ему поручалось оставить 24 галеры под командованием Дориа для охраны побережья Италии