Там, точнее, в Гоменице, что на материке, как раз напротив Корфу, взаимная ревность и подозрительность испанцев и венецианцев едва не привели к бесславному или даже катастрофическому завершению экспедиции. Сначала Дон Хуан совершил опрометчивый шаг, отправив 2 октября Дориа произвести инспекцию венецианских галер, даже флагманского корабля Веньеро. Некоторые авторы утверждают, что венецианские командиры отказывались допускать Дориа на борт, но Веньеро пишет, что Дориа позволили увидеть все, что он хотел. Однако впоследствии у Веньеро лопнуло терпение. На одной из его галер возникла ссора между венецианской командой и испанскими солдатами, которая переросла в драку. Веньеро приказал арестовать испанского офицера, и тот убил одного из солдат, посланных за ним. Это оказалось последней каплей. Веньеро в гневе повесил испанца и двух его подчиненных.
Понятно, что Дон Хуан пришел в ярость. Колонне пришлось изрядно потрудиться, но он все же сумел убедить командующего, что в данный момент важнее дать бой туркам, чем наказать непокорного венецианца. Однако в конце концов он не стал наказывать Веньеро, но при условии, что тот больше не будет участвовать в военных советах и позволит Барбариго занять его место.
Так и не приняв никаких стратегических решений, Дон Хуан 3 октября покинул окрестности Корфу и отправился на юг на поиски противника. Теперь и христиане, и турки были уверены, что обладают превосходящими силами. Никто даже не пытался вести разведку, и обе стороны всецело полагались на крайне ненадежные сообщения от рыбаков или обитателей прибрежных деревень. Христиане считали, что турки еще в Лепанто, и медленно двигались в этом направлении. 5 и 6 октября они стояли у Кефалонии, в 60 милях к западу от Лепанто. Там они узнали подробности о падении Фамагусты, неизвестные раньше. Выяснилось, что 2 августа, учитывая отсутствие перспектив помощи и не видя возможности держаться дальше, Брагадино согласился сдаться при условии гарантии безопасной переправы обоих гарнизонов и жителей на Крит. Фактическая капитуляция имела место 4-го. Войдя в город, Мустафа потребовал гарантий возврата кораблей, используемых для эвакуации защитников. Брагадино возмутился, заявив, что на переговорах об этом речь не шла и честное слово венецианцев всегда считалось достаточной гарантией. Как бы то ни было, он отказался оставить заложников. Мустафа сразу же отказался от всех договоренностей, помощников Брагадино, его самого пытал до смерти, а остальных защитников взял в плен.
По мнению венецианцев, Священная лига не выполнила свою изначальную цель. Тем не менее представлялось, что поражение турецкого флота может в какой-то мере компенсировать потерю Кипра, поскольку, даже если остров останется у турок, будут защищены другие венецианские владения, которые, в противном случае, может постичь такая же судьба. Некоторые командиры выступали за отступление. Но большинство – и Дон Хуан среди