После боя христианский флот вместе с призами зашел в гавань Летала, что в нескольких милях севернее. На некоторое время внутренние противоречия были позабыты – правда, ненадолго. Дон Хуан обменялся дружественными приветствиями с Веньеро до сражения и принял его с распростертыми объятиями после него. Но венецианцы сразу начали жаловаться, что их обделили с добычей, и ссора между ними и испанцами вспыхнула с новой силой.
Искрой стал поступок Веньеро, который 10 октября отправил домой свой рассказ о сражении, не дожидаясь одобрения Дона Хуана. Он заявил, что приказал командиру своей галеры связаться с Доном Хуаном и Колонной. Но Веньеро явно нисколько не сожалел, что Дон Хуан оказался недоступным. Для постороннего человека нет ничего необычного в том, что командир половины союзнического флота связывается напрямую со своим правительством, но Дон Хуан, будучи главнокомандующим, посчитал иначе. Он принял это действо как намеренное пренебрежение его властью и смертельно обиделся.
Флот вышел из гавани Летала 11-го и на следующий день подошел к Санта-Мауре (Левкас). Была попытка напасть на крепость, но ничего не вышло. Крепость была слишком хорошо укреплена, на кораблях заканчивалось продовольствие, да и эффективное сотрудничество между венецианцами и испанцами теперь было невозможно. 21 октября весь христианский флот ушел с Санта-Мауры на Корфу. Он прибыл туда 24-го, и уже 28-го все так называемые «западники», иными словами, все, кроме венецианцев, разошлись по своим портам.
Операции объединенного флота завершились, но венецианцы все еще выказывали некоторые признаки активности. 20 октября Филиппе Брагадино прибыл на Корфу с 11 галерами, 3 галеасами и 3 судами, недавно оснащенными в Венеции. Он хотел, чтобы ему позволили вести 50 галер в Архипелаг, но Веньеро считал это неразумным. Вместо этого он произвел нападение на Маргарита, что на материке, неподалеку от Корфу, и захватил этот пункт без особого труда. При Лепанто он был ранен в ногу и чувствовал себя плохо, так что прибытие в конце ноября Якопо Соранцо, который должен был заменить Барбариго, явилось для него большим облегчением. Брагадино был отослан обратно в Венецию с галеасами и 24 галерами, причем половина из них были всего лишь неоснащенными корпусами. Осталось 70 галер с более или менее полными командами.
Битва при Лепанто явилась большой победой, однако за ней ничего не последовало, и события следующего года показали, насколько она в конечном счете оказалась непродуктивной. Говорили, что султан сравнил уничтожение турецкого флота с бритьем бороды, а потерю Кипра – с ампутацией конечности. Борода вырастет, а конечность – нет. Так и вышло. Улуч Али вернулся в Константинополь в декабре с 80 или 90 галерами и галеотами, уцелевшими при Лепанто и захваченными в Архипелаге. Он сразу был назначен главнокомандующим турецким флотом, получив