25 августа 1859 года горный аул Гуниб был взят штурмом. Шамиль с оставшимися мюридами сдался в плен. При этом Барятинский упрекнул Шамиля в том, что тот не принял предложений о сдаче ещё до штурма. На что имам ответил, что во имя своей цели и своих приверженцев должен был сдаться тогда только, когда не останется никакой надежды на успех. Барятинский подтвердил свои прежние гарантии безопасности самому Шамилю и членам его семьи. Также, он сообщил, что Шамилю придётся отправиться в Петербург для ожидания дальнейшего решения царя о его судьбе. Впоследствии в Петербурге Александр II встретил Шамиля дружелюбно и ласково. После приёма Шамилю была отведена для жительства Калуга, куда он прибыл 10 октября, а 5 января 1860 года туда же прибывает его семья. При нём было поручено состоять знатоку арабского языка генералу Богуславскому.
В 1868 году по указанию царя Шамиль переехал в Киев.
В феврале 1869 года Александр II разрешил Шамилю выехать в Мекку для паломничества. В конце марта 1870 года, после совершения хаджа, Шамиль посетил Медину (Саудовская Аравия), где и скончался 4 (16) февраля 1871 года.
Пленение Шамиля
Покорение Черкесии и завершение войны. Взятие Гуниба и пленение Шамиля могли считаться последним актом войны на Восточном Кавказе; однако ещё не была покорена Западная Черкесия, занимавшая всю западную часть Кавказа, примыкая к Чёрному морю. Завершающий этап войны в Западной Черкесии русским командованием было решено вести таким образом: черкесы должны были покоряться и переходить на указываемые им места на равнине; в противном случае их оттесняли далее в бесплодные горы, а оставленные ими земли заселялись казачьими станицами; наконец, по выдавлению горцев с гор к морскому берегу, им оставалось или перейти на равнину, под надзор русских, или переселиться в Турцию.
В 1861 года по инициативе убыхов38 в Сочи был создан черкесский парламент «Великое и свободное заседание». Убыхи, шапсуги, абадзехи, джигеты (садзы) стремились объединить черкесов «в один громадный вал». Специальная депутация парламента, возглавляемая Измаилом Баракай Дзиаш, посетила ряд европейских государств. Действия против тамошних мелких вооружённых формирований затянулись до конца 1861 года, когда все попытки сопротивления были окончательно подавлены. После этого решено было приступить к решительным операциям на правом крыле, руководство которыми поручено было покорителю Чечни, Евдокимову. Войска его были разделены на два отряда: один, Адагумский, действовал в земле шапсугов, другой – со стороны Лабы и Белой; особый отряд направлен для действий в низовьях реки Пшиш.
Осенью и зимой были устроены казачьи станицы в Натухайском