Войскам было приказано сосредоточиться в самостоятельные отряды из всех родов войск, заняв важнейшие тракты, и выслать подвижные колонны для уничтожения и рассеяния шаек мятежников.
Польские крестьяне неохотно вступали в ряды повстанцев и отдавали им провиант только под угрозой расправы. Нередко они открыто сотрудничали с русскими войсками. Уже в самом начале войны крестьяне одного из сёл привели к генералу Хрущову 20 мятежников во главе с собственным ксендзом. Позднее они сотнями вылавливали вооруженных повстанцев. В свою очередь, мятежники чинили страшные расправы над враждебным им населением, вырезая крестьян целыми семьями. И если бы в этот момент власть смогла бы обрести опору в крестьянстве, то, вполне возможно, мятеж и не получил бы столь сильного распространения. По настоянию Велёпольского наместник Константин Николаевич распорядился «сдерживать крестьянское население».
В целом русская армия в Польше действовала успешно. Военные экспедиции чаще всего заканчивались разгромом повстанческих отрядов. Военная инициатива была в руках русского командования. Мобильные отряды всюду преследовали мятежников. Успехи русской армии внесли разлад в руководство мятежом. Генерал Мерославский пытался установить свою власть над северо-западными районами Царства Польского, близ прусской границы, но в феврале был полностью разбит в двух сражениях и бежал в Париж.
Вслед за тем другой польский предводитель – молодой генерал Мариан Лангевич (Лянгевич) объявил себя «диктатором», низложив ЦНК. Лангевич провёл несколько сражений с русскими войсками и был окончательно разбит при Хробрже и Гроховиско. После чего 19 марта 1863 года, он, сняв с себя все полномочия, бежал в Австрийскую Галицию, где сдался местным властям.
Антикрестьянская политика польских повстанцев привела к скорому поражению восстания в западных губерниях России, где мятежная шляхта натолкнулась на всеобщую ненависть русских крестьян, чуждых им по крови и вере. Только в Литве и на самом западе Белоруссии мятежникам удалось получить некоторую поддержку.
На стороне организаторов мятежа выступили русские революционеры, проживавшие в эмиграции, в частности, «Колокол» А. И. Герцена. Для русских «нигилистов» польское восстание служило орудием борьбы с «проклятым царизмом». Но и поляки рассматривали поддержку русских революционеров лишь как инструмент ослабления России изнутри.
Один из теоретиков анархизма и народничества Михаил Бакунин снарядил морскую экспедицию революционеров, которая в марте 1863 года вышла из Соутгемптона (Англия) на пароходе «Уод Джексон» и направилась в Балтийское море. Пароход вёз оружие и амуницию для польских повстанцев. На борту находилось более 200 волонтёров из разных стран, комиссар «народного правительства» Демонтович и сам