31 марта, в день православной Пасхи, царь объявил о полной амнистии мятежников, которые «сложат оружие и возвратятся к долгу повиновения» к 1 мая. Но особого впечатления эта амнистия не произвела. Наглые захватнические планы польских мятежников и европейское вмешательство встревожили русское общество. К защите единства отечества призывали дворянские собрания, городские думы, депутации от сословий, университетов всей России. Чувствуя поддержку русского народа, император Александр II ощутил прочность своей державы: «Я ещё не теряю надежды, что до общей войны не дойдет; но если она нам суждена, то я уверен, что с Божией помощью мы сумеем отстоять пределы Империи и нераздельно связанных с ней областей». Идея единства России утверждалась влиятельным публицистом Михаилом Никифорович Катковым на страницах его газеты «Московские ведомости». Катков называл происходящее в Польше «ксендзо-шляхетским мятежом», который, присягая передовой Европе, погрузил край во мрак и смуту средневековья. Мнение Каткова разделяли другие издания.
Великий князь Константин Николаевич не осознал крайней остроты положения и резкой перемены ожиданий общества. При формальном подчинении края «державе русского императора» он предлагал отдать власть в руки поляков, правящих «на основании своих польских, а не русских законов», и сохранить в Польше минимальное число русских чиновников – ради принципа равноправия наций. «Высшие классы Польши» перестали скрывать враждебность к России. Многие члены Государственного совета демонстративно уходили в отставку. Деятели местного самоуправления бежали со своих мест. Провинциальные чиновники и полицейские совершали различные диверсии и уходили к мятежникам. Финансы Царства Польского также перешли в распоряжение лидеров восстания.
В конце мая 1863 года из Главного казначейства было похищено 3,5 млн. рублей. Кражу совершил сам главный казначей и его сотрудники, все успели скрыться. Крах «системы Велёпольского» коснулся и его самого. В июне 1863 года, после хищений в казначействе, Велёпольский выпросил себе отпуск и вскоре уехал из края навсегда. Последним оплотом русской власти в Польше оставалась армия. Но в конце июля мятежникам под командой Гейденрейха «Крука» удалось одержать победу в бою у местечка Жиржин. Где русский обоз, следовавший из Ивангорода в Люблин под прикрытием поручика Левданского (2 роты второго сапёрного и ивангородского крепостного батальонов) 27 июля (8 августа) около 8 часов утра, в Жиржинском лесу был атакован из засады, отрядом Крука, численностью до 3000 человек. После упорного боя русский отряд был почти полностью уничтожен.34 Сам Левданский вместе с 87 оставшимися в живых солдатами спасся позорным бегством с поля боя, за что позже был разжалован в рядовые. Обоз был захвачен практический невредимым, в результате чего мятежникам досталось