В конце 1860-х годов русификация из административно-правовой сферы распространилась на сферу образования. В 1869 году была закрыта Главная Варшавская школа, на базе которой был учреждён Императорский Варшавский университет, преподавание отныне велось на русском языке. Преподавание во всех других государственных высших и средних учебных заведениях Польши также было переведено на русский язык. Лишь в низшей школе сохранялось обучение на польском языке. Одновременно шло наступление на католицизм: запрещалось преподавание католического вероучения в школах, в 1875 году ликвидирована грекокатолическая церковь, униатов принуждали к переходу в православие. Положение католической церкви в Польше несколько улучшилось после начала понтификата Льва XIII, сторонника сближения с русским царём, и заключения в 1884 году соглашения между Россией и Ватиканом.
В Польше делопроизводство было окончательно переведено на русский язык к 1875 году, хотя польский язык по-прежнему использовался в школах для религиозного преподавания, а также повсеместно в устном общении и частной переписке.
В 1864—1866 годах в Польше была проведена аграрная реформа. Аграрные законы Польши, подготовленные Милютиным, Самариным и Черкасским, были утверждены Александром II ровно через 3 года после начала «Великой реформы», то есть 19 февраля 1864 года. Земля, находившаяся в пользовании крестьян, стала их полной собственностью без выкупа, с помещиками расплачивалось государство. Крестьянам передавалась также земля, конфискованная у мятежной шляхты (1660 имений). Проведение аграрной реформы положило конец польскому восстанию.
В разгар польского восстания Александр II одобрил тайный Валуевский циркуляр37 о приостановлении печатания на украинском языке (по терминологии того времени – «малорусского наречия») литературы религиозной, учебной и предназначенной для начального чтения. К пропуску цензурой разрешались «только такие произведения на этом языке, которые принадлежат к области изящной литературы». В 1876 году последовал Эмский указ, направленный на ограничение использования и преподавания украинского языка в Российской империи.
После восстания части польского общества, не получившего значительной поддержки литовцев и латышей (в Курляндии и частично ополяченных районах Латгалии), были предприняты определённые меры покровительства этнокультурному развитию этих народов.
При Александре II произошли существенные изменения в отношении черты оседлости евреев. Рядом указов, выпущенных в период с 1859 по 1880 год, значительная часть евреев получила право беспрепятственно расселяться по всей территории Российской империи. Право свободного расселения получили купцы первой гильдии (с 1861 года купцы 2-й гильдии могли поселяться в Киеве, а в Николаеве, Севастополе и Ялте – все три гильдии), цеховые ремесленники, врачи, юристы,