В связи с этим 29 декабря 1920 г. ВЧК издала приказ № 339/с, которым утвердила Положение о взаимоотношениях войск ВНУС с особыми отделами.
Положение отмечало, что охрана границ РСФСР в военно-политическом отношении и вопросах борьбы с экономической контрабандой возложена на особый отдел ВЧК, который несет за нее полную ответственность и осуществляет ее посредством специального аппарата своих учреждений на границе, а именно: особых отделов конкретной границы и подчиненных особых районов, особых участков и особых постов.
Начальники особых отделов границ, особучастков, особрайонов и особпостов организовывали свои аппараты и руководили их работой.
Для установления войскового кордона, т. е. застав, караулов и постов на границах, в целях надежной охраны границ командующий войсками ВНУС предоставлял особому отделу ВЧК определенное взаимным соглашением количество войск ВНУС, которые переходили в полное оперативное подчинение особорганов на границах.
При каждом особом отделе, особом районе, особом участке и особом посту находился штаб войсковой части (группы, дивизии, бригады, полка и т. п.), выделявшейся для службы на конкретной границе. Указанные части выполняли все оперативные задания начальников особого отдела (района, участка, поста), а во всех остальных отношениях подчинялись непосредственно командующему войсками ВНУС.
Объявленное Положение о взаимоотношениях между частями войск ВНУС, выделявшимися для охраны границ, и особыми отделами не давало указаний в отношении приемов и методов охраны границ. Отсутствие директив о построении сторожевого охранения провоцировало возможность находившимся на границе войскам ВНУС, при отсутствии оперативных заданий, не интересоваться охраной границ. Находившиеся на границе войска ВНУС не входили в состав войск ВЧК, а были лишь приданной особым отделам вооруженной силой для выполнения оперативных заданий органов ВЧК, которые несли полную ответственность за ненадлежащую охрану границ.
Указанное Положение в скором времени было скорректировано постановлением СТО от 19 января 1921 г., в соответствии с которым войска ВНУС, за исключением войск ВЧК, были переданы в военное ведомство, а на войска ВЧК кроме лежавших на них обязанностей по борьбе с внутренней контрреволюцией была возложена задача по охране государственных границ РСФСР.
Во исполнение данного постановления приказом РВСР и ВЧК от 25 января 1921 г. № 21 все части войск ВНУС, несшие службу по заданиям чрезвычайных комиссий, а также войска по охране границ с их штабами были переданы в ведение ВЧК, с исключением из штатов Красной армии.
Поступившие в ведение ВЧК пограничные войска, обслуживавшие особые отделы, в порядке управления были объединены по каждой границе в отдельности и подчинены начальнику особого отдела данной границы. Начальник особого отдела границы управлял войсками подведомственной ему границы через начальника войск ВЧК этой границы, при котором состоял соответствующий штаб.
15 февраля