В связи с этим, основной упор пришлось сделать на морские перевозки, для чего Наркоматом ВМФ было арендовано 41 паровое и 42 прочих судна. В целом, перевозки морским путем, осуществленные по линии Наркомата ВМФ, с 1 октября 1939 г. по 1 марта 1940 г. обеспечили переброску 41 046 человек и 45 658 тонн грузов[877]. В результате, возникла новая морская коммуникация (Кронштадт-Таллин-Лиепая), являвшаяся единственной артерией питания Краснознаменного Балтийского флота.
Выполняя указания наркома ВМФ о передислокации, Военный совет КБФ издал целый ряд организационных приказов, направленных на скорейшее решение проблемы переброски соединений, частей и учреждений Краснознаменного Балтийского флота в новые базы[878]. Однако, помимо вопросов размещения и бытового устройства на новых местах, командование ВМФ было озабочено проблемой строительства батарей береговой обороны в Эстонии и Латвии. Ещё 19 октября специальная комиссия под председательством флагмана 2-го ранга С. П. Ставицкого, созданная по приказу наркома ВМФ от 1 октября 1939 г., представила свой доклад. В нем комиссия предложила для организации обороны побережья и островов в Прибалтике создать три укрепленных района – у входа в Финский залив, на Моонзундских островах и у входа в Рижский залив, а для обороны военно-морских баз – Палдисский и Лиепайский укрепленные районы. Основной упор при строительстве Береговой обороны следовало сделать на артиллерийские батареи, которые планировалось оснастить 152 орудиями крупного и среднего калибров[879].
И тогда же, 19 октября, нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов отдал приказ № 00150, который был адресован Военному совету КБФ и посвящен вопросу строительства Береговой обороны в Прибалтике. В приказе наркома предписывалось проведение на Балтике следующих мероприятий: 1) Произвести изыскания и установить батареи: а) четыре трехорудийные 130-мм (Б-13) в районах острова Малый Рооге, мыса Пакри, мыса Кюбассар и маяка Михайловский с последующим доведением их до четырехорудийного состава; б) две 152-мм батареи в районах острова Большой Рооге и острова Вормс или Кертель. Установку всех батарей произвести на временных основаниях с последующей посадкой их на бетон; 2) Установить три 76-мм четырехорудийные батареи в районе Палдиски, для чего следовало перевести 83-й отдельный зенитный дивизион; 3) Произвести изыскания для позиции железнодорожных батарей в районе порт Палдиски – маяк Шпитгамн; 4) Произвести изыскания для установки двух 180-мм башенных батарей в районах Симпернес и Сворбе