Согласно пакту о взаимопомощи между СССР и Эстонской республикой от 28 сентября 1939 г., Советский Союз получил право «иметь на эстонских островах Сааремаа (Эзель), Хийумаа (Даго) и в городе Палдиски (Балтийский порт) базы Военно-Морского Флота и несколько аэродромов для авиации на правах аренды по сходной цене». Для охраны своих военно-морских баз и аэродромов Советскому Союзу разрешалось держать на участках, отведенных под базы и аэродромы, определенное количество сухопутных войск и авиации[841]. Уже 1 октября 1939 г. нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов в своем приказе № ЗОЮсс приказал образовать комиссию под председательством заместителя наркома ВМФ И. С. Исакова «для разрешения всех вопросов, связанных с определением точных мест базирования Рабоче-Крестьянского Военно-Морского Флота». В состав комиссии были назначены командующий КБФ флагман 2-го ранга В. Ф. Трибуц, заместитель начальника ГМШ капитан 1-го ранга В. А. Алафузов, командующий ВВС КБФ комбриг А. А. Кузнецов и заместитель начальника Технического управления ВМФ военинженер 2-го ранга И. С. Гулин[842].
Данной комиссии было поручено совместно с представителями эстонского командования определить места базирования кораблей флота, места установки береговых батарей, места позиций железнодорожной артиллерии и аэродромов, и территории, необходимые для расквартирования и обеспечения частей РККФ, переводимых в Эстонию. Нарком ВМФ в приказе определил в качестве основных пунктов базирования и размещения соединений Краснознаменного Балтийского флота порты Таллин, Палдиски и Рогекюль[843].
Требовалось также выбрать позиции для установки двух 180-мм башенных береговых батарей (на полуострове Церель и полуострове Симпернес) и четырех 130-мм береговых батарей (в районе порта Палдиски, на островах Сааремаа и Хийумаа), 180-мм железнодорожной батареи в районе Палдиски, а также места для базирования трех морских разведывательных авиаэскадрилий (в Таллине, Палдиски и Аренсбурге). Комиссии И. С. Исакова было поручено определить на месте «потребность в необходимом количестве средств охраны водного района в портах Таллин, Палдиски и Рогекюль, ремонтные возможности, возможность получения складских помещений». Работу комиссии следовало завершить 10 октября 1939 г.[844]
В окончательном виде, требования СССР относительно базирования соединений и кораблей Краснознаменного Балтийского флота в Эстонии оформились в трёх соглашениях между советским и эстонским военными командованиями от 11 октября 1939 г. Согласно первому соглашению, Правительство Эстонии предоставляло советскому ВМФ 7 гаваней и рейдов – Кярдла (Картель) на острове Хийуумаа (Даго), Кыйгусте на острове Сааремаа (Эзель), Курессарэ-лахт (Аренсбург) на острове Сааремаа, Мьенту (Менто) на острове Сааремаа, Кихельконна-лахт (Кильконд) на острове Сааремаа, Тагалахт на острове Сааремаа, Кюдемалахт на острове Сааремаа – для стоянок боевых