Одновременно руководство Наркомата ВМФ стало отдавать распоряжения относительно организации перевозок в новые прибалтийские базы. Уже 3 октября нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов направил секретарю ЦК ВКП(б) И. В. Сталину, председателю СНК СССР и наркому по иностранным делам В. М. Молотову и секретарю ЦК ВКП(б) А. А. Жданову директиву за № 3074сс. В ней нарком ВМФ выразил озабоченность тем, что КБФ не имеет специальных транспортов для перевозки личного состава, снабжения и строительных материалов. Для этого Кузнецов потребовал изъять из Наркомата морского флота СССР для нужд ВМФ пароходы «Луга» и «Балхаш»[851]. Одновременно им был составлен «Ориентировочный список кораблей и частей, намеченных к перебазированию», уже утвержденный Штабом КБФ[852].
11 октября 1939 года народный комиссар ВМФ флагман флота 2-го ранга Н. Г. Кузнецов своими приказами № 00141 и 00144 объявил о передислокации соединений, частей и кораблей КБФ в порты Эстонии. Согласно первому приказу, первыми должны были отправиться в Таллин для постоянного базирования лидер «Минск» и эсминцы «Гордый» и «Сметливый». Корабли следовало снабдить «максимальным запасом продовольствия и полным запасом топлива». Также для переброски в Палдиски (Балтийский порт) предназначались личный состав и материальная часть береговых батарей №№ 11 и 12, которые следовало доставить туда на транспорте «Луга»[853]. 11 октября Штаб КБФ своим приказом № 41/1528сс уточнил ориентировочный список кораблей и частей, предназначенных для перебазирования в порты Прибалтики[854].
Корабли Краснознаменного Балтийского флота, в соответствии с заключенными соглашениями стали спешно перебазироваться в новые порты. Уже 11 октября, в день подписания первых протоколов военно-морской комиссией СССР и эстонским командованием, в Таллин пришел первый отряд кораблей КБФ в составе лидера «Минск» и эсминцев «Гордый», «Сметливый» и «Стремительный». 15 октября в Таллин сделала заход Эскадра КБФ в составе линкора «Октябрьская революция», под флагом командующего флотом флагмана 2-го ранга В. Ф. Трибуца, крейсера «Киров», четырех эсминцев и четырех сторожевых кораблей. А 22 октября Отряд легких сил КБФ, возглавляемый крейсером «Киров», под флагом командующего Эскадрой КБФ флагмана 2-го ранга Η. Н. Несвицкого, вошел в Лиепаю[855].
Перебазирование надводных кораблей КБФ было сразу оформлено в организационном отношении. 17 октября 1939 г., приказом командира Отряда легких сил КБФ № 020 был объявлен состав групп эсминцев, базирующихся на иностранные порты. В первую группу (командир – капитан 3-го ранга Н. Г. Богданов) вошли эсминцы «Грозящий», «Сметливый» и «Стремительный», а во вторую группу (командир – капитан-лейтенант В. И. Маслов) – лидер «Минск», эсминцы «Гордый» и «Гневный»