В 1721 году Феофан Прокопович составляет Духовный регламент, который предусматривал уничтожение института патриаршества и образование нового органа – Духовной коллегии, которая вскоре была переименована в Святейший Правительствующий Синод, официально уравненный в правах с Сенатом. Президентом его стал Стефан Яворский, вице-президентами – Феодосий Яновский и Феофан Прокопович. Создание Синода явилось началом абсолютистского периода русской истории, так как теперь вся власть, в том числе и церковная, была сосредоточена в руках Петра. Таким образом, абсолютизм включил в свою бюрократическую систему и церковь.
В состав Святейшего Синода входили: президент, два вице-президента, четыре советника и четыре асессора (в число их входили представители чёрного и белого духовенства). То есть состав Синода был типичным для светских коллегий. При нём были даже духовные фискалы, которые должны были тайно наблюдать за правильным и законным течением дел церковной жизни. Святейший Синод стал высшим государственным органом церковно-административной власти в Российской империи, заменявшим собой патриарха в части общецерковных функций и внешних сношений, а также соборы всех епископов поместной церкви, то есть Поместный Собор.
Представителем царя в Святейшем Синоде был обер-прокурор. Первым обер-прокурором Синода был назначен полковник Каргопольского драгунского полка, герой Полтавы, Иван Васильевич Болтин. Главной обязанностью обер-прокурора было вести все сношения Синода с гражданской властью и голосовать против решений Синода, когда они не согласовывались с законами и указами Петра. Сенат дал обер-прокурору особую инструкцию, являвшуюся почти полной копией с инструкции генерал-прокурору Сената.
Следует также отметить, что церковная реформа Петра I носила явно утилитарный характер. Духовный регламент обязывал епархиальных архиереев создавать училища для детей духовенства, институционализировал духовную цензуру, упразднял не признанные Синодом места «чудесных явлений» и запрещал мужчинам становиться монахами до 30 лет. Монахи должны были исповедоваться и причащаться не менее четырёх раз в год. Им запрещалось посещать женские монастыри и частные дома. В свою очередь, монахиням запрещалось принимать окончательный обет до 50-ти лет. Кроме того, в монастырях вводился обязательный труд.
Кроме того, царь сохранял функции высшего судьи в государстве. Он возглавлял все вооруженные силы. Все акты органов власти, управления и суда издавались от его имени, в его исключительной компетенции было объявление войны, заключение мира, подписание договоров с иностранными государствами. Монарх рассматривался как верховный носитель законодательной и исполнительной