Kodusõda algas 1936. aasta juunis. Nagu paljud teisedki hispaanlased, kuulis Pujol raadiost sõjaväelise riigipöörde kohta, mis olevat alanud Hispaania territooriumidel Põhja-Marokos. Ta oli tol kuumal päeval sõpradega plaaninud lähedal asuvatesse Montseny mägedesse matkama minna, aga kui uudised iga uue teadaandega aina halvenesid ning räägiti juba tänavabarrikaadidest ja inimeste kuulide ette jäämisest, läks ta oma kihlatu Margarita koju, mis asus samas Eixample’i linnaosas Carrer Girona tänaval. Margarita vanemad olid ammused perekonnasõbrad. Nende kandis olid naabrid ametis valgete voodilinade riputamisega eesrõdudele, mis pidid märku andma sellest, et siin elavad rahuarmastavad inimesed, kes pahandusi ei soovi, kuid peagi toimuvad sündmused muutsid kõigi elu dramaatilisel moel.
Barcelona, nagu ka kõik muud suurlinnad peale Sevilla, ei langenud riigipöörde alguses mässajate kindralite kätte ning jäid valitsuse kontrolli alla. Barcelonast sai aga peagi radikaalse riigipöördevastase liikumise kese. Võimu võtsid enda kätte anarhistid ja erinevad vasakpoolsed rühmitused: tänavatele rajati kontrollpunkte, kehtestati keelutund ja hukati inimesi, keda kahtlustati riigipöörajate toetamises. Üleöö sai linnast ohtlik elupaik.
Pujoli pere jäi otse kaose keskele. Tema ema ja õde arreteeriti kontrrevolutsionääridena, kuna nende nimed olid märgitud lähedal asuva Montserrati kloostri külalisteraamatusse. Vaimulike vastane vaen oli kõrgpunkti jõudnud ning nad pääsesid vaid tänu anarhistlikku ametiühingusse kuuluva sõbra sekkumisele, kes nende vabastamise korraldas. Nende vangistajad ei saanud kunagi teada, et konflikti esimeste päevade ajal oli Mercedes oma kodus varjanud teisigi katoliiklasi, sealhulgas preestrit, kelle nimi oli Celedonio. Tema mängib Pujoli eluloos hiljem tähtsat rolli. Samal ajal võeti Pujoli vend Joaquín väevõimuga armeesse, mis pidi vabariiki mässajate eest kaitsma. Tal õnnestus rindelt põgeneda, rännates poolpaljana läbi lume, kuni leidis varjupaiga Püreneedes elavate sugulaste juures. Neid ränki läbielamisi pidas Pujol hiljem peamiseks põhjuseks, miks ta vend juba 62-aastaselt suri.
Veel suurem õnnetus tabas Pujoli nooremat õde Elenat. Linna revolutsionäärid arreteerisid tema peigmehe kahtlustatuna Franco pooldamises. Ta viidi lähedal asuvatesse mägedesse ja lasti maha.
Esimeste kaootiliste päevade ja nädalate kestel püsis Pujol oma kihlatu majas ega julgenud välja tänavale kõndima minna, samuti ei üritanud ta linnast lahkuda, kuna just seda peeti kõige ohtlikumaks. Kõikjal olid kontrollpunktid ja patrullid, kes otsisid „viienda kolonni“ liikmeid – selle mõiste oli hiljuti välja mõelnud üks mässu eesotsas olevaist kindraleist –, ning tal polnud ka võltsitud pabereid, mis põgenemisel aidata võiksid.
Nädalatest said kuud. Ta ei tohtinud end aknal näidata ega liiga valjusti kõnelda, sest naabrid võisid kuulda. Kui keegi uksele koputas, pidi ta end tagatuppa peitma. Veidi enne jõule murdsid korterisse sisse relvastatud mehed. Pujol oli köögis ja purustas haamriga pähkleid, kui kuulis hääli, mida omakaitseväelased korterit läbi otsides tegid. Selgus, et nad ei otsi siiski teda, vaid pigem väärtasju, mida tema kihlatu pere või nende tuttavad võisid linnast põgenedes maha jätta. Keegi – siiani ei tea nad, kes see olla võis – oli võime informeerinud. Ei läinudki kaua, kuni nad leidsid, mida olid otsima tulnud – uksepiida sisse peidetud kulla ja kalliskivid. Ent kuna mehed otsisid läbi kõik korteris asuvad toad, avastasid nad ka Pujoli koos oma haamriga. Ta viidi Margarita isa ja vennaga kaasa.
Pujolil oli veidi õnnegi, et ta viidi ööseks Via Laietanal asuvasse politsei peakorterisse. Siin võis ennast kuigivõrd kindlana tunda: oleks ta viidud mõnda mitteametlikumasse politseijaoskonda – ehk tšekaasse, nagu neid Vene revolutsiooni lintšikohtute järgi nimetati –, võinuksid nad ta sealsamas maha lüüa. Kuid nüüd paigutati ta omaette pimedasse kongi, kus ta võis mõtiskleda, kas kätte on jõudnud tema elu viimased hetked.
Ta jäeti terveks nädalaks sinna. Kuid ühe öö varajastel tundidel avanes kongiuks ning tal paluti välja tulla. Keegi mõistatuslik isik viis ta läbi tühjade kontoriruumide tillukese külgukseni, mis tänavale avanes, torkas talle pihku aadressiga paberitüki ning saatis ta teele.
Segaduses ja hirmunud Pujol tegi minekut. Oli külm, kuid õnneks polnud vaja kaugele minna: paberile kritseldatud aadress asus Barri Góticis, katedraali ja sadama vahelises keskaegses linnaosas. Ta jõudis raekoja taga olevale tillukesele tänavale ning kuigi polnud päris kindel, millesse ta end nüüd mässib, kõndis ta pimedas trepist üles ja koputas õrnalt uksele. Üks naine avas selle vaikselt ja lasi ta sisse.
Pujol avastas hiljem, et teda aitas organisatsioon Sorocco Blanco, salajane katoliiklik rühmitus, mis tegutses vabariigi territooriumil ning abistas inimesi, kes olid võimudega pahuksisse sattunud. Kuna ta oli vangi pandud sõjaväekohusest kõrvalehiilijana, oli tema elu pärast kartev Margarita nendega ühendust võtnud ning neil õnnestus Pujol vabastada, kasutades selleks üht oma operatiivagentidest: revolutsionäärina esinevat naist, kes oli politseijaoskonnas teeniva ohvitseri armuke.
Kuid kõik see selgus alles pärastpoole. Nüüd pidi Pujol end jälle peitma, elades ühe taksojuhi kodus, keda sunniti sõdureid Aragóni eesliinile sõidutama. Tema abikaasa ja üheksa-aastane poeg hoolitsesid Pujoli turvalisuse eest nii hästi, kui suutsid. Taas pidi Pujol vait olema ja nelja seina vahel elama ega tohtinud isegi aknast välja vaadata. Kui oli vaja vestelda, näiteks siis, kui taksojuht rindelt uudistega naasis, sai seda teha vaid üürgava raadio saatel, mis tema häält summutas, et see naabrite kõrvu ei kostaks.
Kuud möödusid. Hommikuti läks naine toidukraami muretsema ja jättis Pujoli oma väikese poja seltsi. Ühel päeval korraldas politsei peale tema lahkumist korteris läbiotsimise. Mõni hetk enne nende sisenemist andis Pujol poisile märku, et peidab end tema voodi alla.
Väikemees säilitas külma verd, näitas politseile toad ette ning rääkis neile, et tema isa võitleb rindel mässajatega. Politseinikud uurisid hoolikalt kõik toad läbi, kuid ei leidnud midagi. Kui nad tahtsid minna tuppa, kus Pujol end peitis, avas poiss neile ise ukse, pani tule põlema ja teatas, et tuba kuulub temale. Politseinikud pöörasid ringi ja lahkusid. Pujol pääses taas terve nahaga.
Ta oli nõnda tänulik, et õpetas järgnevate kuude jooksul poissi nii hästi, kui vähegi suutis: koolid olid kinni ja haridustöö peatatud. See oli ka Pujolile oluline väljund, mis aitas tal aega mööda saata. Kuid elu linnas muutus üha hullemaks: seda pommitasid Franco väed ning toidusabad aina pikenesid. Taksojuhi perel sai sellest 1937. aasta keskel viimaks villand ning nad otsustasid korterist lahkuda ja linnast väljas elavate sugulaste juurde kolida.
Pujol jäi omapäi. Sorocco Blanco organiseeris kolm korda nädalas talle toidutoomise, kuid Pujol pidi nüüd elama täiesti üksi, pimedas korteris, ning lisaks seal võimalikult vaikselt püsima. Ta langes masendusse, tõmbus endasse ja tema tervis halvenes. Teda külastati aina harvemini ning toidukogused vähenesid. Ta kaotas palju juukseid ja 20 kilo kaalust ning nägi oma kahekümnendate eluaastate keskel välja nagu mees, kes võiks peagi viiekümnendat juubelit pidada.
Pujol teadis, et asjad ei või igavesti nõnda kesta. Kätte oli jõudnud 1938. aasta algus ning ta oli juba üle aasta aja korteris elanud. Ta kartis nii oma vaimse kui ka füüsilise tervise pärast ja otsustas, et peab lahkuma. Taas abistas teda Sorocco Blanco, hankides talle võltsitud isikutunnistuse, mille kohaselt oli ta liiga vana, et sõjaväeteenistusse minna.
Kui Pujol välja tänavale astus, oli linn pommitamise ja revolutsioonide tõttu märgatavalt muutunud, kuid sama kehtis ka tema kohta. Ta oli poolteist aastat vabatahtlikus vangipõlves veetnud. Ühe tuttava kaudu sotsialistlikust ametiühingust UGT hankis ta töökoha kanafarmis Põhja-Kataloonias San Juan del las Abadesases, Prantsusmaa piiri lähedal. See oli täiuslik koht, kust põgenemine lõpule viia.
Aegamööda sai ta oma jõu tagasi ning tegi pärast päevatöö lõppu pikki jalutuskäike ja pidas ühtlasi silmas, kui kaugele on vaja minna selleks, et üle piiri pääseda. Aga kui kõik ettevalmistused juba tehtud said ning ta lahkuma valmistus, toimus piiri lähedal põgenike ja politsei vahel tulevahetus, kus hukkus mitu inimest. Selle tagajärjel tugevdati paikkonnas piirivalvet: vabadusse avanev uks sulgus taas.
Kuna põgenemistee Prantsusmaale oli ära lõigatud,