Sellele, miks massihüsteeria just nendel aegadel nii intensiivselt levis, on leitud erinevaid põhjuseid. Massihüsteeria võisid vallandada vähene haridus, äärmuslik patriarhaalsus, usuline fanatism ja tungalterarikas toit. Toonases kultuuris oli väga tugev demonoloogiline kiht – loeti „Saatana raamatuid”, kuhu mustade, punaste ja valgete tähtedega olnud kirja pandud kõikide saatuste jubedad üksikasjad ning mis lugejaid äärmiselt erutasid.
Rootsis muutus nõiajaht intensiivseks veel ka sellepärast, et Rootsi suhted Euroopaga olid hapramad kui Baltimaadel. Rootsi muutumine impeeriumiks kulges valulikult (139, 959). Tol ajal oli Rootsi veel perifeerne riik põhjas.
Kindlasti oli nõiaprotsessi puhul oluline seegi, milliseid küsimusi esitati ülekuulamisel ja kuidas neile vastati. Sellest on võrdleva uurimuse kirjutanud soome ajaloolane ja semiootik Risto Hiltunen. Neist kommetest annab ülevaate tabel („Ütle mulle, kas oled nõid?”, 97):
Oma nurjatute suhete kirjeldamiseks on süüdistatavad mõnikord kasutanud nii pöörast fantaasialendu, et seda ei saa seletada ainult piinamisega. Eesti nõiaprotsesside uurimise üks pioneere Villem Uuspuu on sedastanud: „Ilma teoloogideta ei ole mõeldav selliste pikkade ülekuulamiste korraldamine, kus lehekülgede viisi räägitakse vaid kuradist ja usulistest küsimustest. Kuna saavutatud tunnistused kippusid Maakohtule kui ka Tartu Õuekohtule üle jõu, siis kutsuti kirikuõpetajad abiks. Ka nendel puudub küsimuse kohta kindel seisukoht ja nad avaldavad ühe või teise tunnistuse kohta vaid imestust.” (257, 21).
Kirikuõpetaja osales nõiaprotsessis harilikult siis, kui ta talupoegi ja nende eluolu ei tundnud. Kõrgest kantslist jutlust pidavale saksa soost jumalasulasele jäi talupoegade maakeelne vadin üsna arusaamatuks. Seepärast olidki just algajad pastorid eriti agarad nõidu süüdi mõistma. 1615. aastal andis Ambla õpetaja Johannes Faber nõiakohtule vanglast välja nõid Surro Rop’i (202, 336). Švaabimaalt pärit Faber oli selleks hetkeks oma kogudust teeninud kolm aastat ja elanud Eestimaal kokku vaid kümme aastat. Mahu (Viru-Nigula) õpetaja Elias Gräntzin süüdistas nõidu 1640. aastal (EAA.862.2.244, lk 2). Gräntzin oli abiõpetaja ja ametis olnud kaheksa aastat. Ka Kongla Anne/Anna protsessi tagajärgede eest külas oli ilmselt vastutav kirikuõpetaja (vt ptk „Väga suured nõiaprotsessid”). 1640. aastal mõisteti Kongla Ann süüdi mõisniku tütre surnuksnõidumise eest ja põletati Viru-Nigula kiriku lähedal.
Ent üldiselt kehtis Eestis sama reegel, mis Lääne-Euroopas: nõiaprotsesse ei korraldanud kirikuvõimud. Neid korraldasid valdavalt ilmalikud võimud kiriku kaasteadmistel.
Küsimustega „Mis sa tegid?” ja „Millal sa tegid?” saadakse protsessidel kiiresti hakkama. Kui kohtualune teeb suured silmad ning on näha, et ta ei kavatse omaks võtta ei „kunstide” tundmist, „lausumist” ega (libahundiks) jooksmist, siis leidub alati mõni külaelanik (Rechtsfinder, mõisniku poolt määratud küla kohtumees), kes tunnistab süüdistatava kahjuks kas õigluse nimel või selleks, et kaitsta küla nõia eest, ja on valmis isegi kogu tema sugupuu üles lugema (nõnda oli see näiteks Trevli Berteli protsessil Emmastes 1694. aastal. EAA.2.2.1255). Kohtumehed olid vajalikud sellekski, et mõisnikud saaksid ütelda: talupojad ise mõistsid omasuguste üle kohut, oma seisuse piires. Mõisaomanik sai seejärel Pilatuse kombel käed puhtaks pesta. Kui talupoeg ise teist omasugust represseerib, on mõisnik ju „süütu”.
Harilikult oli nõiakohtu esmane huvi uurida, kes on süüdistatav, kes on temaga seotud ja kust on pärit tema salapärane taust ning Kuradilt õpitud „kunstid”. Kõige sagedamini on keegi kolmas isik esitanud kohtule kaebuse, et kusagilt kaugest nurgast pärit isik (näiteks Villem) on süüdi nende inimeste ja loomade surmas, „kes on teda uskunud”, need on kas ainult haigestunud või lisaks veel 5–7–9 päeva pärast surnud. Mõnikord on protokollis fikseeritud ka mõne patustanu skandaalne ütlus, näiteks „Ronnimuse Pojat, ep peawat üchtecki hobbese sihn ilmas ennamb neyoma, ep kaas weixe peremechet sahma.” (EAA.914.1.67, lk 11)5
Seda konkreetset ütlust võiks ehk määratleda kui kellegi paikapanemist.
Kohtukirjutajate ülestähendused on gooti ehk vanas saksa kirjas. Reeglina on need tehtud suure kiiruga, sest üleskirjutamise aeg oli napp, ilmselt seetõttu on mõnikord eksitud ka tolleaegse saksa keele reeglite vastu või kasutatud absurdseid lühendeid. Eestikeelseid väljendeid, lauseid ja isegi tekstilõike kohtab protokollides enam kui üks kord. Arusaadavuse huvides on eestikeelsed osad kirjutatud hoopis selgemas antiikvakirjas, mistõttu praegusaja eestlasel on neid üpris hõlbus lugeda. Ladinakeelsed juriidilised väljendid on protokollides samuti selgemalt välja toodud.
Sellegipoolest on nõiaprotokollides väga palju segast, vaieldavat ning vasturääkivat, sest eestikeelsete lausete selgus põimub saksakeelsete lausete keerukusega. Protokolle on võimaluse piires üritatud lugeda ja lahti mõtestada, eelkõige on siinjuures silma paistnud Villem Uuspuu (1911–1944), Juhan Kahk (1928–1998) ja Maia Madar (snd 1955).
Ka on palju arhiivimaterjali aegade keerises kadunud. Säilikud kaovad arhiivist sõjamöllus, neid rikub vesi. Mõisates aset leidnud protsesside kohta pole meil enamasti midagi talletatud, sest 1905. aastal pandi paljudele mõisatele tuli otsa ning arhiivid hävisid koos häärberitega (neid protsesse enamasti ei protokollitudki). Tallinna linnaarhiivi materjale on näiteks juba Esimese maailmasõja aastail sattunud Venemaale. Teise maailmasõja aastail hävis 15 % Eesti arhiivide materjalidest. Kõige tõenäolisemalt aga ei ole Otto von Riesemanni 1874. aastal Beiträges ilmunud artiklis „Hexen und Zauberer in Reval 1615–1618” („Nõiad ja võlurid Tallinnas 1615– 1618”) ära toodud huvitavad kohtulood üldsegi mitte kadunud. Nad on lihtsalt kusagil teise riigi, teise linna arhiivides.
Mõnikord võivad arhiividest oma jälgi koristada ka pahatahtlikud, „erihuvidega” inimesed. Osa süüdistusmaterjale võidi kõrvaldada Tartu ülikooli kriminalistika lektorit Eduard Osenbrüggenit tabanud skandaali ajal.
Eduard Osenbrüggen oli Holsteinist pärit õigusteadlane, kes töötas aastatel 1843–1851 Tartu ülikooli kriminaalõiguse professorina. Elu näinud ning laia silmaringiga inimesena märkas Osenbrüggen Liivimaa kitsaid olusid ja kritiseeris Liivimaal kehtinud Balti provintsiaalõigust. Tema kirjatöö „Liivimaa skitsid” oli riigivõimu meelest ässitav ning konfiskeeriti. 4. juulil 1851 Osenbrüggen arreteeriti ja saadeti ülekuulamisele Peterburi, kus langetati otsus: „Professor Osenbrüggenil on demokraatlik vaim.” Et ta oli välismaalane, siis leiti, et kõige otstarbekam on ta Venemaalt üldse välja saata. Sarnaselt teiste baltisaksa intelligentidega kuulus Osenbrüggeni sümpaatia kohalikule talupojale ja oma sõbra Faehlmanni eeskujul talletas ta isegi eesti rahvaluulet (241, 23–25).
Lisaks sellele paljastas Osenbrüggen Eestis XVII sajandil aset leidnud nõiaprotsesse. Ka see tekitas mõisnike seltskonnas pahameelt. Nädalakirja Das Inland 1848. aasta 10. numbris avaldati Osenbrüggeni artiklitele anonüümne vastukaja pealkirjaga „Kuidas langetaks Kristus nõiaprotsessil otsuse?”. Seal seisis, et selline mees nagu Osenbrüggen ei tohiks sirguvat noorpõlve õpetada. Kuidas ta tohib ütelda, et auväärsed rüütlid on kedagi asjata tapnud? Nõiaprotsessid olevat läinud asja ette, sest nõidu soovitab tappa ka piibel. Need nõiad mässasid oma leivavanemate vastu, mispärast neid haletseda? Osenbrüggeni kaitseks sama ajakirja veergudel enam ei diskuteeritud, ehkki mehel endal lubati vastata (ta kirjutas, et nõiaprotsessid on igand). Arvatavasti oli Osenbrüggeni vastasjõududel ligipääs ka arhiividele ja nad toimetasid suurema skandaali ära hoidmiseks sealt nii mõndagi kõrvale. XVII sajandi alguse protokollid on enamasti kadunud ja säilinud vaid tänu ümberjutustustele.
Võiks aga ka uskuda, et paljud protokollid ei jõudnudki arhiivi. Tolmusid pakkidesse kokku seotuna kusagil ja neid kasutati näiteks tulehakatiseks. Ajalooandmed, mida protokollid sisaldasid, läksid kaotsi.
Nõidade üle peetud istungites on tunda kohtu ja kohtukirjutaja didaktilist suhtumist eestlastesse. Nõia ütlused on siin nagu