Iisraelile sedasorti salajasest infost ei piisanud. Samal ajal, kui fanaatilised Iraani võimud Iisraeli avalikult hävitada ähvardasid, ei julgenud ülejäänud maailm ühtegi jõulist ega otsustavat sammu astuda. Iisraelil ei jäänud muud üle, kui Iraani tuumarelvaprogrammi vastu põhjalikku spioonisõda alustada.
Kuusteist aastat olid Dagani eelkäijad pead liiva all hoidnud ja Dagan otsustas nüüd tegutseda.
2006. aasta jaanuaris toimus Iraanis lennuõnnetus. Kõik pardal olnud inimesed hukkusid. Reisijate hulgas olid Iraani revolutsioonilise kaardiväe ohvitserid, kaasa arvatud ülemjuhataja Ahmed Kazami. Iraanlased ajasid süü halbade ilmastikuolude kaela, aga Stratforist tuli vihje, et lennuõnnetuse taga on lääne salaagendid.
Vaid kuu aega varem oli sõjaväe kaubalennuk kukkunud Teheranis kortermajja. Kõik 94 reisijat hukkusid. Pardal oli terve hulk Iraani revolutsioonilise kaardiväe ohvitsere ja tuntud režiimipooldajatest ajakirjanikke. Novembris 2006 plahvatas Teheranis kohe pärast õhkutõusmist sõjaväelennuk. Selles õnnetuses hukkus 36 revolutsioonilise kaardiväe liiget. Kohalikus rahvusringhäälingus teatas Iraani kaitseminister: „Luureagentuuri andmetel võime kindlalt väita, et lennuõnnetuste eest vastutavad ameerika, inglismaa ja iisraeli salaagendid.”
Daganist oli vahepeal märkamatult ja ilma suurema meediakärata saanud Iraani puudutava poliitika peamine sõjalise strateegia juht. Ta uskus, et Iisraeli ainsaks võimaluseks võib peagi olla kõikide sõjaliste jõudude kasutusele võtmine ja Iraanile kallale tungimine. Dagan mõistis ka seda, et see tuleks kõne alla vaid siis, kui enam mingit muud väljapääsu ei ole.
Laiaulatuslik sabotaaž algas 2005. aasta veebruaris. Rahvusvahelises meedias räägiti Dialemis asuvas tuumajaamas toimunud plahvatusest, kui seda tabas tundmatult lennukilt lastud rakett. Samal kuul toimus teine plahvatus Bushehris, mis õhkas venelaste ehitatud tuumareaktorit varustava gaasitoru.
Rünnati ka Teherani lähedal Parchinis asuvat katsejaama, kus iraani eksperdid „plahvatavaid läätsi”välja töötasid. See on mehhanism, mis muudab lõhkekeha südamiku kriitiliseks massiks, milles toimub iseseisva ahelreaktsioonina tuumalõhustumine. Iraani põrandaaluste allikate sõnul tekitas Parchinis toimunud plahvatus salajastele laboritele korvamatut kahju.
2006. aasta aprillis toimus Natanzis pidulik kohtumine. Suur hulk teadlasi, laborante ja tuumaprojekti juhte kogunes maa-alusesse keskusesse, kus tuhanded tsentrifuugid ööpäevaringselt pöörlesid. Ülevas meeleolus tuldi vaatama, kuidas järjekordne uus tsentrifuugideseadeldis käima pannakse. Kõik ootasid hinge kinni pidades ülevat momenti. Peainsener vajutas nuppu, kuid masinavärgi käivitumise asemel toimus ruumis võimas plahvatus. Torud lendasid laiali ja kogu seadeldis purunes.
Raevunud tuumaprojekti pealikud nõudsid, et algatataks põhjalik uurimine. Selgus, et „tundmatud isikud” olid seadme varustuse hulka valeosi sokutanud. CBS teatas, et tsentrifuugid hävitasid vahetult enne käivitamist nende külge kinnitatud väikesed lõhkekehad. Lisaks väideti, et Natanzi plahvatuse taga on ameerika salaagendid, kes said abi Iisraeli salaluurelt.
2007. aasta jaanuaris said sabotaaži peamisteks sihtmärkideks jälle tsentrifuugid. Lääne salateenistused rajasid Ida-Euroopasse varifirmad, mis tootsid tsentrifuugide torujuhtmete jaoks isolatsioonimaterjali. Iraanlased ei saanud seda vabalt turult osta, kuna ÜRO oli selle materjaliga kauplemisele kehtestanud piirangud. Nii ei jäänudki neil muud üle, kui pöörduda Ida-Euroopa ettevõtete poole, mida juhtisid venelased ja eksiilis olevad iraanlased, kes tegelikult olid aga hoopis lääne salaagendid. Seda, et toode on kasutuskõlbmatu, avastasid iraanlased alles siis, kui isolatsioonimaterjal oli juba paigaldatud.
2007. aasta maiks oli president George W. Bush allkirjastanud salajase käskkirja, mis andis CIA-le õiguse käivitada luureoperatsioonid, mis takistaks Iraanil tuumaprojekti ellu viia. Üsna varsti pärast seda otsustatigi, et lääne salateenistused peavad saboteerima varuosade, seadmete ja toormaterjali tarnimist Iraani. Augustis kohtus Dagan USA suursaadiku Nicolas Burnsiga, et arutada Iraani puudutavaid tegevusstrateegiaid.
Järgmised seitse aastat toimusid Iraani tuumarajatistes pidevalt plahvatused ja juhtusid mõistatuslikud äpardused. Üks säärane tõrge tekkis Bushehri reaktori jahutussüsteemis, mille tõttu lükkus tuumarajatise valmimine kahe aasta võrra edasi. 2008. aasta mais toimus Arakis kosmeetikatoodete tehases plahvatus, mis põhjustas suuri kahjustusi ka lähedalasuvale tuumajaamale. Teine plahvatus tekitas suuri kahjusid Isfahanis, kus uraani gaasiks muudeti.
2008. ja 2010. aastal kirjutati New York Timesis, et Šveitsi päritolu inseneride perekond Tinnerid on aidanud CIA-l Liibüa ja Iraani tuumaprogrammide tagamaid paljastada ja agentuur maksis neile teenete eest 10 miljonit dollarit. Lisaks pakkus CIA neile poliitilist varjupaika Šveitsi võimude eest, kes soovisid Tinnereid ebaseadusliku tuumaseadmetega kauplemise eest süüdi mõista. Pereisa Frederic Tinner oli koos poegade Ursi ja Marcoga müünud iraanlastele Natanzi tehase jaoks ebakvaliteetseid elektriseadmeid, mille tõttu lakkas töötamast ja hävis 50 tsentrifuugi. Tinnerid ostsid survepumbad Saksamaalt firmast Pfeiffer Vacuum, lasid need New Mexicos veidi ringi teha ja müüsid seejärel pumbad iraanlastele.
Ajakirjas Time kinnitati, et Mossad kaaperdas Soomest Alžeeriasse sõitva venelastest meeskonnaga ja Malta lipu all seilava laeva Arctic Sea, mille lastiks olevat puit. 2009. aasta 24. juulil, kaks päeva pärast laeva teele asumist, ründas alust kaheksa kaaperdajat. Kuu aega hiljem teatasid Venemaa võimud, et Vene kiirreageerimisüksus on laeva oma valdusesse saanud. London Timesis ja Daily Telegraphis väideti, et häirekella lööjaks oli olnud Mossad. Dagani mehed olevat venelastele ette kandnud, et laeva lastiks on hoopis uraan, mille müüs iraanlastele endine vene ohvitser. Admiral Tarmo Kõuts, piraatide vastu võitlemise juht Euroopa Liidus, pakkus Time’ile välja oma versiooni. Nimelt olevat tema sõnul ainuke usutav seletus see, et laeva kaaperdas Mossad eesmärgiga konfiskeerida uraan.
Vaatamata lakkamatutele rünnakutele jätkasid iraanlased eesmärgi poole püüdlemist. Aastatel 2005 kuni 2008 ehitati Qomi lähistele täieliku saladuskatte all uus tuumarajatis. Maa-alusesse tehasesse plaaniti paigaldada kolm tuhat uut tsentrifuugi. 2009. aasta keskpaigas said iraanlased teada, et USA, Inglismaa ja Iisraeli luureorganisatsioonid on Qomi tehase kohta haisu ninna saanud ja teavad täpselt, mis seal toimub. Iraan reageeris silmapilkselt. 2009. aasta septembris jõudis Teheranist rahvusvahelisse ajakirjandusse üllatav uudis − Iraan olevat IAEA-d Qomi tehasest informeerinud. Mõnede allikate väitel olid iraanlased tabanud lääne spiooni (tõenäoliselt Inglismaa MI6 agent), kes oli Qomi kohta usaldusväärset infot hankinud. Et maailma silmis mitte häbisse jääda, eitati sellise agendi olemasolu.
Kuu aega hiljem ütles CIA direktor Leon Panetta Time’ile antud intervjuus, et nende organisatsioon on Qomis toimuvaga juba kolm aastat kursis olnud ja et tehas avastati Iisraeli salaluure kaasabil.
Qomi avastus andis mõista, et CIA, MI6 ja Mossad on võitluses Iraaniga oma jõud ühendanud. Prantsusmaa allikate sõnul tegid kolm salateenistust tihedat koostööd ja Mossad viis CIA ja MI6 abiga Iraanis läbi keerukaid salaoperatsioone.
Mossad vastutas mitme 2010. aasta oktoobris toimunud plahvatuse eest. Zagrose mägedes asuvas tehases, kus pandi kokku Shahabi rakette, toimus plahvatus, milles hukkus kaheksateist iraani inseneri ja laboranti. Briti ja ameerika liitlaste kaasabil mõrvas Mossad ka viis tuumateadlast.
Luureorganisatsioonide koostöö oli suuresti Meir Dagani pingutuste tulemus. Alates hetkest, mil temast sai Mossadi juht, avaldas Dagan oma alluvatele survet, et saavutada teiste riikide salateenistustega tihe ja sujuv koostöö. Nõuandjad olid küll vastu, et Mossad salajast infot välismaalastega jagab, aga Dagan ei võtnud neid kuulda, öeldes: „Lõpetage see jama ära ja hakake nendega koostööd tegema!”
Lisaks brittidele ja ameeriklastele olid Daganil veel ühed tugevad liitlased, kellelt saadi otse Iraanist väärtuslikku infot – Iraani vastupanuliikumise juhid. Väljaspool Iraani toimuvatel pressikonverentsidel avaldasid nad Iraani tuumaprojekti kõige tähtsama teadlase isiku, kelle nime oli seni saladuses hoitud. Mohsen Fakhri Zadeh oli 49-aastane füüsikaprofessor