Наиболее крупное озеро Памиро-Алая – Каракуль в Восточном Памире – лежит на высоте 3914 м над уровнем моря. Котловина озера в основе тектонического происхождения, сильно измененная в результате воздействия древнего оледенения. Вода солоновата и непригодна для питья. Зимой озеро замерзает. Поднимающиеся по сторонам горы, лопасти заливов, острова, голубой цвет воды, отражающей ясное безоблачное небо, – все это создает живописный пейзаж, особенно радующий глаз после безжизненных серых пустынь, окружающих озеро.
На общий фон высотной зональности растительного покрова накладывается резкое влияние экспозиции склонов и общее значительное увеличение континентальности климата с запада на восток.
В западной части системы структура высотной зональности почти такая же, как на юге Западного Тянь-Шаня, только еловые леса здесь отсутствуют. Нижнюю зону образуют полупустыни, или пустынные степи, субтропического типа с господством эфемеровых трав на обыкновенных (типичных) и темных черноземах. Следующая зона – крупнозлаковых эфемероидных субтропических степей («полусаванн») на темно-серых сухостепных почвах (выщелоченных сероземах). В среднегорье, где лучше увлажнение, развита лесолугово-степная зона. Для нижнего ее пояса характерны луговые степи, кустарниковые заросли, широколиственные леса из грецкого ореха, клена и пр. Под зарослями кустарников и под лесами развиты горно-лесные коричневые и бурые почвы. В верхнем поясе распространены арчовники на горных коричнево-бурых почвах. Гребни высоких хребтов принадлежат к горно-луговой зоне, с субальпийским, альпийским и субнивальным поясами, часто с разреженным и фрагментарным растительным покровом.
По направлению к востоку из-за усиления континентальности климата ландшафты и структура высотной зональности изменяются. Это изменение прослеживается уже в Гармской области, занимающей срединное положение внутри горной системы.
В долинах Гармской области, расположенных на высоте 1000–1500 м, распространена полынно-эфемеровая полупустыня на темных сероземах и темно-серых сухостепных почвах. На каменистых склонах развита ксерофитная древесно-кустарниковая растительность. Выше на склонах хребтов располагаются пырейные степи с пятнами кустарниковых зарослей из экзохорды на западе области и шиповника с желтыми цветками на востоке.
В начале лета в степях цветет масса красных маков. Темно-серые сухостепные почвы сменяются под кустарниковыми зарослями горными коричневыми почвами, которые переходят и в следующую высотную зону – разнотравных горных степей и древесно-кустарниковой растительности, аналогичную лесолуговостепной зоне Тянь-Шаня, особенно Юго-Западного. Эта зона занимает склоны хребтов в пределах от 1800–2000 до 2600–2800 м. Здесь распространены заросли миндаля (в нижнем поясе),