В 1896 г. флаг был дополнен изображением государственной эмблемы.
20 июня 1895 г. Сальвадор, Гондурас и Никарагуа заключили договор о создании Великой Республики Центральной Америки. 15 сентября 1896 г. договор о создании уже Соединенных Штатов Центральной Америки вступил в силу. Согласно конституции, вступившей в силу 1 ноября 1898 г., флаг федерации состоял из синей, белой и синей горизонтальных полос с изображением герба в центре.
13 ноября 1898 г. власть в Сальвадоре захватил генерал Томас Регаладо и 29 ноября Соединенные Штаты Центральной Америки распались, а флагом Никарагуа вновь стал флаг, учрежденный в 1838 г.
4 сентября 1908 г., в знак стремления тогдашнего либерального правительства к восстановлению единства Центральной Америки, было опубликовано официальное описание флага Никарагуа: «национальными цветами являются синий (лазурь) и белый. Флаг состоит из трех одинаковых по ширине горизонтальных полос: средней – белой, верхней и нижней – синих. В середине белой полосы находится изображение герба». Хотя оттенок синего цвета в описании точно не указывался, но верхняя и нижняя полосы флага всегда изготавливались из полотна небесно-голубого цвета – цвета полос флага федерации 1823—1838 гг.
Официально цвета государственного флага были утверждены 27 августа 1971 г.
Белая полоса флага (пропорции 3: 5) символизирует Центральную Америку, а синие – омывающие ее Карибское море и Тихий океан. Кроме того, белый цвет символизирует чистоту и честность, а синий – справедливость и верность. На лицевой стороне государственного флага, в центре белой полосы, находится изображение государственной эмблемы, что символизирует расположение страны посредине Центрально-американского перешейка.
Национальный флаг изображения не имеет, а его белая полоса иногда более широкая – для большего отличия от национального флага Сальвадора, синие полосы которого более темного оттенка.
Герб
Первым гербом Никарагуа стала учрежденная 21 августа 1823 г. печать Соединенных провинций Центральной Америки.
Очевидно, что печать создана под влиянием символики Великой французской революции: равносторонний треугольник, символизирующий свободу, равенство и братство; горная цепь из пяти вулканов, символизирующих членов федерации; воздетый на копье фригийский колпак свободы и радуга, над океаном – восходящее солнце свободы.
22 ноября 1824 г. вступила в силу конституция, согласно которой Соединенные провинции стали Федеративной Республикой Центральная Америка и новое название в этот же день появилась на гербе федерации. Кроме того, герб стал овальным, а сверху его полуобрамили две оливковые ветви, перевязанные лентой (встречаются варианты с оливковой и пальмовой гирляндами).