Низложенного Никона вывели из церкви, посадили в сани и на следующий день отправили в Ферапонтов монастырь в заточение.
Монахом Чудова монастыря был и один из первых русских просветителей Карион Истомин. Он приехал в Москву из Украины около 1676 г. и сначала поселился вместе с Сильвестром Медведевым в Заиконоспасском монастыре, но потом перешел в Чудов монастырь. Карион Истомин – автор лучшего тогда русского букваря, вышедшего из печати в 1694 г., который он преподнес царице Наталье Кирилловне для обучения ее внука, царевича Алексея. Еще раньше он составил для одиннадцатилетнего царя Петра I книгу «Полис» – энциклопедию, в которой рассказывалось о самых разных вещах в стихотворной форме. Карион Истомин был автором и переводчиком многих сочинений по истории и педагогике, его поэтическое наследство очень велико.
Как и в других монастырях, в Чудовом монастыре было и кладбище. Тут была могила последнего казанского царя Едигера, принявшего крещение под именем Симеон; в монастыре были похоронены сват царя Алексея Михайловича боярин Борис Иванович Морозов; многие из знатных фамилий Трубецких, Оболенских, Хованских, Щербатовых, Куракиных, Стрешневых.
Сюда же, в Чудов монастырь, насильно отвели деда Петра I, боярина Кирилла Нарышкина. В 1682 г. во время стрелецкого бунта он был пострижен в монахи – тогда это было весьма распространенной формой принудительного отстранения политических противников от участия в управлении государством.
Во время оккупации Москвы наполеоновскими войсками в алтаре собора маршал Даву устроил свою канцелярию, где, сидя за священным престолом, подписывал бумаги и принимал просителей.
Вскоре после захвата власти большевиками новообразованное правительство и многочисленные учреждения были вынуждены эвакуироваться из Петрограда – пугала вполне реальная возможность захвата города немецкими войсками.
Правительство переехало в Москву 12 марта 1918 г., и сразу же, в день приезда, глава правительства В.И. Ленин ознакомился с патриаршей ризницей, дворцами, Грановитой и Оружейной палатами.
Тогда не все кремлевские здания были заняты новыми хозяевами, и, конечно, они не чувствовали себя в безопасности даже за высокими стенами Кремля…
Как бесхитростно рассказывал первый советский комендант Кремля матрос П.Д. Мальков, «больше всего хлопот и неприятностей доставляли мне монахи и монахини, так и сновавшие по Кремлю в своих черных рясах… Вот тут и охраняй и обеспечивай Кремль