По преданию, монастырь был основан великой княгиней Евдокией Дмитриевной, женой Дмитрия Донского. В этот монастырь она удалилась под именем Ефросинья и там же начала постройку каменного Вознесенского собора, закладка которого состоялась 20 мая 1407 г. Через полмесяца она скончалась и была погребена в строившемся храме.
Ее невестка, великая княгиня Софья Витовтовна, продолжила строительство собора, но успела лишь вывести стены «по кольцо, где верху быти», то есть до барабана и главы.
Пожары, княжеские междоусобицы, борьба за власть в Москве привели к тому, что храм в продолжение пятидесяти лет стоял недостроенным. В 1467 г. великая княгиня Мария Ярославна, вдова умершего великого князя Василия II Темного, решила, разобрав старый, уже порядком обветшавший собор, построить новый. Поручили строительство архитектору Василию Ермолину, и он сделал то, чего еще не было видано в Москве – на старые стены были «надеты» новые.
Но и этот собор простоял недолго – он не смог выдержать опустошительных московских пожаров.
В 1518 г. по указу великого князя Василия III было начато строительство нового Вознесенского собора, законченного через три года: «Того же лета [1521 г.] месяца мая 9 день священа церковь камена Вознесенье господня в монастыри великии княгине подле Чюдова монастыря в граде Москве на празник Вознесения господа нашего Иисуса Христа».
Вознесенский монастырь. 1880-е гг.
Автором его, возможно, был итальянский архитектор Алевиз Новый, приехавший в Москву в 1504 г. и много работавший в ней. Он, в частности, строил кремлевский Архангельский собор, декоративное убранство которого оказало большое влияние на развитие русской архитектуры.
Считалось, что именно здание Вознесенского собора, построенное при Василии III, дожило до наших дней, но, как свидетельствует летопись, при царе Федоре Иоанновиче, в 1587–1588 гг., был «поставлен храм камен на Москве в Кремле-городе в Девиче монастыре у Вознесения, о пяти верхах, больши старово».
Интересную гипотезу выдвинул искусствовед Л.А. Баталов, исследуя историю строительства собора Вознесенского монастыря. В это время Борису Годунову было необходимо укрепить свое положение в Москве, и это он мог сделать только через сестру Ирину, жену царя Федора. После же Годуновы построили в кремлевском Девичьем Вознесенском монастыре новый собор, копию, как выяснил исследователь, великокняжеского Архангельского собора.
Еще со времени основательницы монастыря соборный Вознесенский храм сделался местом упокоения лиц женского пола из царствующей фамилии. В нем находилось более тридцати могил. В соборе были похоронены Софья Витовтовна, дочь великого князя Литовского и жена Василия I; другая Софья, племянница последнего императора Византии, вторая жена великого князя Ивана III. Тут же было и погребение его первой жены, Марии Борисовны, дочери великого князя Тверского. В соборе сохранялись могилы великих княгинь, жен царя Ивана Грозного, начиная