Любопытно отметить, что Алексеевский храм, вероятно, был единственным в России, в который не разрешалось входить женщинам, – прежде в Чудовом монастыре было много монашествующих, все они во время богослужений заполняли церковь, и во избежание соблазна вход женскому полу был строго воспрещен. Это запрещение по традиции оставалось в силе и до последних дней существования монастыря.
Особенно хорош был иконостас Алексеевской церкви – сделанный из бронзы в 1839 г. по рисунку М.Д. Быковского, царские двери работы знаменитой ювелирной фирмы Сазикова сияли серебром. Собор этот был еще и своеобразным воинским памятником: по указанию Николая I на его стенах были развешаны трофеи Русско-персидской войны 1826–1828 гг.
В Алексеевскую церковь вело высокое псевдоготическое крыльцо, пристроенное в 1780 г. к двухэтажному монастырскому корпусу по проекту М.Ф. Казакова.
Под аркой между этими двумя храмами с 1686 г. в серебряной раке покоились мощи св. Алексия, рядом лежал посох его, а за стеклом на стене находилось одеяние.
Под монастырским храмом Святого Алексия в 1906 г. устроили церковь-усыпальницу великого князя Сергея Александровича, убитого террористами в Кремле, освященную во имя преподобного Сергия Радонежского. Ее украшал замечательной работы резной белокаменный иконостас, иконы для которого написал художник К.П. Степанов. Из такого же белого мрамора изваяли надгробие, стоявшее в центре подземного храма. Это был и небольшой музей древностей, в котором находились ценные вещи из коллекции, собиравшейся великим князем: иконы XVI и XVII вв., нательный крест XIV в. в серебряном ковчеге, а также личные вещи его. В храме находились носилки, на которых переносились останки Сергея Александровича, и гренадерская шинель, укрывавшая их. Автором проекта храма-усыпальницы был архитектор В.П. Загорский, а внутренняя отделка производилась по мысли и рисункам П.В. Жуковского.
В Чудовом монастыре была и четвертая церковь – во имя святого Андрея Первозванного, построенная для монастырской братии, упраздненная в 1814 г., она была в 1881 г. устроена вновь как домовая митрополичья.
Монастырь издавна был весьма почитаем – в церкви Чуда Михаила Архангела крестили многих младенцев из царского дома: детей Ивана Грозного, в 1554 г. – царевича Федора. В 1629 г. патриарх Филарет крестил своего внука – будущего царя Алексея Михайловича, а в 1672 г. здесь был крещен и царевич Петр – будущий преобразователь России, император Петр Великий. В 1818 г. в этой церкви состоялось крещение царя-освободителя Александра II.
Чудов монастырь памятен событиями, имевшими большое значение для истории русской церкви.
Так, сюда был заключен митрополит Исидор, присланный в Москву из Константинополя в 1437 г. и давший согласие