Внутри самого австрийского дома против императора сформировалась оппозиция, возглавляемая его младшим братом эрцгерцогом австрийским Матиасом. Последний был уже в преклонных летах, однако до сих пор не добился реальной власти. Между тем амбиции эрцгерцога были неизмеримо выше того положения, которое он занимал76. Огромное значение в развитии конфликта между императором и Матиасом сыграла поддержка претензий последнего другими влиятельными представителями австрийской фамилии. Необходимо отметить, что это был уже не первый случай заговора родственников императора. Идея оформления внутрисемейного альянса, направленного против Рудольфа II, родилась еще в 1600 г. у Матиаса и другого брата короля эрцгерцога Максимилиана. Они попытались подключить к заговору своего двоюродного брата, сына Карла Внутриавстрийского эрцгерцога Фердинанда Штирийского77. Однако в 1600 г. Фердинанд Штирийский отказался поддержать выступление. Временные успехи, достигнутые императорскими войсками в Венгрии, заставили братьев на время оставить свои намерения.
Наконец, неблагоприятный поворот в Долгой войне в результате восстания Бочкаи предоставил эрцгерцогу возможность проявить себя, воспользоваться сложившейся обстановкой для дискредитации Рудольфа II и повышения собственного авторитета. Матиас возглавил партию, нацеленную на скорейшее заключение мира с Турцией, обосновывая это усталостью подданных и необходимостью стабилизации внутреннего положения в державе. В 1605 г. Рудольф II, полностью потерявший контроль над ситуацией в Венгрии, предоставил Матиасу полномочия для ведения войны против Турции. В 1606 г. эрцгерцог заключил в целом невыгодные для Габсбургов, но необходимые в сложившихся условиях мирные договоры с Османской империей (Житваторокский мир) и с Венгрией (Венский мир). Бочкаи признавался правителем Трансильвании. Венгерские сословия, включая магнатов, шляхту, королевские города, а также солдаты, которые несли службу на границе, получали право свободного исповедания протестантских верований, включая кальвинизм. Прецедент дарования столь широких религиозных свобод сословиям одной из частей австрийской державы, вне всякого сомнения,