После того как в битве при Мюльберге 24 апреля 1547 г. имперская армия разгромила войска унии и добилась временного перелома в борьбе с протестантами в Германии в свою пользу, Фердинанд I с успехом применил профессиональную армию против внутренних врагов. Одной угрозы наказания оказалось достаточно для того, чтобы сословное ополчение разбежалось. Большая часть шляхты покинула горожан. Оказавшиеся в одиночестве пражские мятежники по-прежнему находились в нерешительности. Вначале они предприняли безуспешную попытку получить прощение короля, затем, уже после входа в город королевских наемников, попытались организовать стихийное сопротивление, однако восстание было быстро подавлено превосходящими силами.
Незамедлительно последовали наказания виновных. Ряд наиболее активных деятелей восстания были осуждены на пожизненное заключение. Четырех зачинщиков выступления – двух земанов и двух мещан – король приговорил к смертной казни. В целом, учитывая масштаб выступления, физическую расправу над восставшими можно считать относительно мягкой. Это объясняется сохранявшейся неуверенностью Фердинанда I в стабильности своего положения, боязнью нового мятежа и, соответственно, нежеланием давать повод к очередному проявлению недовольства. Поэтому казнь имела в большей степени психологический эффект.
Наказания политического и экономического характера были гораздо более значительными. Особенно негативно поражение восстания сказалось на положении мещанства, лишившегося статуса равноправного сословия. Была издана новая редакция Земского Устройства, согласно которой отменялась внутренняя автономия королевских городов. В частности, в городах вводились должности королевских чиновников – гетманов и рихтаржей, под контролем которых отныне находилось городское управление и политическая жизнь. Одновременно наносился удар по автономии городской судебной системы. Были ликвидированы городские суды, вместо них в 1548 г. возник апелляционный королевский суд, который занимался судопроизводством по делам мещанского сословия. Также король отнял привилегии у городских цехов. Экономическая сила городов была ослаблена займами и конфискациями, у Праги и многих других городов были отобраны земельные владения, многие финансовые и торговые привилегии. Таможенные пошлины, торговые сборы, судебные штрафы и выплаты при наследовании имущества стали взиматься в пользу короля, ему же стало принадлежать выморочное имущество горожан. Прага и еще 25 городов изначально выдали королю грамоты со всеми правами и привилегиями. Постепенно Фердинанд I возвратил горожанам часть привилегий, нередко беря за это немалый выкуп. После 1547 г. мещанство стало отходить на второй план в общественной жизни страны.
Наказаниям были подвергнуты и участвующие в восстании представители шляхты. Фердинанд I прибегнул к масштабным конфискациям