С первых лет правления Фердинанд I продемонстрировал стремление максимально ослабить зависимость королевской власти от сословных институтов Чехии и Венгрии. Он организовал в Вене независимые от сословных институтов и единые для всей обширной монархии учреждения, такие как Тайный совет, Придворную канцелярию и Казначейство. Они были подконтрольны лично монарху, который самостоятельно определял их состав. Особое значение имел Тайный совет, формировавшийся из узкого числа людей, особенно близких императору, обычно – не более 5 человек, под председательством самого короля. На заседаниях обсуждался самый широкий круг вопросов, относящихся как к внутренней, так и к внешней политике. Фактически Тайный совет заменил королевский совет в Праге, находящийся под контролем представителей крупной чешской шляхты. Казначейство (в него входило 4 советника под председательством суперинтенданта) занималось финансовыми вопросами, выполняя, в том числе, и надзорные функции. По большей части эти учреждения формировались из представителей немецкого, а затем также испанского или итальянского дворянства, что стало дополнительным барьером, разделявшим короля и его чешских подданных.
Централизаторская политика Фердинанда I в чешских землях нашла свое отражение в запрете собраний средней и мелкой шляхты – краевых съездов, а также общих собраний членов городских коммун. Наряду с этим стала проявляться тенденция к вмешательству монарха в формирование штата высших чиновников земских учреждений Чешского королевства с целью заместить ключевые должности преданными людьми. Это открывало возможность для контроля над главным органом власти в Чехии – королевским советом, в котором были представлены высшие должностные лица. В частности, вопреки данному перед коронацией обещанию не смещать представителей сословий с их должностей Фердинанд I уже в 1530 г. по собственному усмотрению отправил в отставку верховного бургграфа Зденека Льва из Рожмитала. Как уже указывалось, эта должность была ключевой в управлении Богемии, и подобное самоуправство короля вызвало нарекания со стороны представителей чешской сословной общины. Однако организованного выступления сословий против короля не последовало. Интересно, что бургграф был смещен на следующий год после одного из