Одной из главных обязанностей Сената стала забота о государственных доходах и расходах, а также обеспечение явки дворян на военную службу. Для этого в 1711 году учреждена должность фискалов, обязанных доносить в Сенат обо всех нарушениях законов, взяточничестве, казнокрадстве и всех прочих преступных делах, наносящих ущерб государству. Им было предписано «тайно проведовать, доносить и обличать» злоупотребления должностных лиц. Доносы фискалов поступали в Расправную палату, состоявшую из двух сенаторов и четырех судей, которая ежемесячно докладывала Сенату о наиболее тяжких преступлениях. Во главе фискалов был поставлен обер-фискал, контролировавший их деятельность.
Хотя Сенат был высшим правительственным органом, за его деятельностью тоже был установлен контроль. В 1715 году для этого был учрежден пост сенатского генерал-ревизора. Вместе с ним контролем занимались обер-секретарь канцелярии и назначаемые Петром штаб-офицеры гвардейских полков. В 1722 году была создана прокуратура во главе с генерал-прокурором. При Петре I эту должность занимал П. И. Ягужинский. В его обязанности входил контроль всей работы Сената, его исполнительного аппарата, принятия и исполнения всех его решений. Генерал-прокурор и его заместитель обер-прокурор имели право приостанавливать или опротестовывать решения Сената. Подчиняясь только царю, они действовали от его имени и считались «государевым оком» в Сенате. Генерал-прокурору и обер-прокурору подчинялись прокуроры во всех других государственных учреждениях. Так был устроен явный и тайный надзор от имени царя за всеми учреждениями и должностными лицами Российского государства. Хотел царь как на Западе, а получилось как на Востоке.
Вместо 50 приказов и канцелярий были учреждены 11 коллегий с четко разграниченными сферами управления. Реформа коллегиальной системы продолжалась с 1718 по 1720 год. За это время с учетом иностранного опыта были созданы Коллегия иностранных дел во главе с вице-канцлером графом Г. И. Головкиным и бароном П. П. Шафировым, Военная коллегия (фельдмаршал князь А. Д. Меншиков и генерал А. Вейде), Адмиралтейская коллегия (генерал-адмирал граф Ф. М. Апраксин и вице-адмирал К. Крюйс), Камер-коллегия (князь Д. М. Голицын), Юстиц-коллегия (тайный советник граф А. А. Матвеев), Ревизион-коллегия (князь Я. Ф. Долгорукий), Коммерц-коллегия (граф П. А. Толстой), Штатс-контор-коллегия (граф И. А. Мусин-Пушкин), Берг-мануфактур-коллегия (генерал-фельдцехмейстер Я. В. Брюс). Несколько позже она была