Почти все Троицкие игумены были достойными преемниками Преподобного Сергия. Они не только заботились о благоустройстве своей обители, но и силой своего нравственного авторитета влияли на жизнь русского общества. Так, про игумена Серапиона I (1495–1505) известно, что только благодаря его заступничеству была спасена жизнь трех московских боярынь, которых Иоанн III подверг опале. Он принимал также деятельное участие в церковных Соборах, бывших в его время. Затем преподобный Серапион управлял четыре года Новгородской епархией, но в 1509 г. был низведен с кафедры и умер 16 марта 1516 г. в Троицкой обители и там погребен. Он является местночтимым святым Троице-Сергиевой Лавры [31, с. 75–76].
Игумен Порфирий I (1521–1524) известен как смелый заступник за страждущих перед сильными мира сего. Во время его игуменства в темнице находился около двух лет внук Димитрия Шемяки путивльский князь Василий, которого оклеветали в связях с Литвой. Воспользовавшись приездом Василия III, благочестивый игумен сказал ему: «Если ты приехал сюда, в храм Безначальной Троицы, просить милости за грехи свои, буди сам милосерд над теми, которых гонишь ты безвинно, а если ты, стыдясь нас, станешь уверять, что они виновны перед тобой, то отпусти по Христову слову какие-нибудь малые динарии, если сам желаешь получить от Христа прощения многих талантов» [55, с. 354]. За такое смелое ходатайство Порфирий был лишен игуменства, а затем даже заключен в тюрьму.
Следующий за Порфирием игумен преподобный Арсений Сахарусов управлял Троицкой обителью всего два года, после чего из любви к безмолвию удалился в вологодские леса, где основал два монастыря [28, с. 136].
С 1529 по 1539 г. игуменом Троицким был Иоасаф (Скрипицын). Он крестил двух сыновей Василия III, а спустя некоторое время участвовал в постриге самого великого князя, очень чтившего Преподобного Сергия и основанный им Троицкий монастырь. Это видно из слов великого князя, когда в конце жизни он, беспокоясь за судьбу малолетнего сына, сказал игумену Иоасафу: «Помолись, отец, о земном строении и о сыне моем Иоанне, и о моем согрешении: дал Бог и великий чудотворец Сергий мне вашим молением и прошением сына Ивана; я крестил его у чудотворца, вручил его чудотворцу и на раку чудотворцеву его положил, вам сына своего на руки отдал; так молите Бога, Пречистую