Николай Иванович Пирогов имел награды: Орден Святой Анны III степени и орден Святой Анны II степени, орден Святой Анны I степени (1839,1948, 1860); орден Святого Станислава II степени (1845); орден Святого Владимира III степени, орден Святого Станислава I степени, орден Святого Владимира II степени (1851, 1855, 1873); медаль «В память Восточной (Крымской) войны 1853—1856 годов» (1856); знак «За введенив действие Положений 1861 года» (1863), орденом Белого орла (1877). Кроме того, был награждён германской памятной медалью войны 1870—1871 годов для некомбатантов (Kriegsdenkmunze für Nichtkampfer 1870/1871) и французским Бронзовым крестом Общества помощи раненым (Croix de la Société Française de Secours aux Blessés Militaires en broénze).
Также ему были вручены: половинная Демидовская премия и золотая медаль за труд «Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций» (1840); полная Демидовская премия и большая золотая медаль за «Полный курс прикладной анатомии человеческого тела» (1844); полная Демидовская премия и большая золотая медаль за монографию «Патологическая анатомия холеры» (1850); полная Демидовская премия и большая золотая медаль за атлас «Топографическая анатомия разрезов» (1860).
Николай Иванович был полон сил, здоровья, когда его отправили на отдых и продолжал работать своем имении Вишня (Винницкая губерния), где он поселился со всей семьей. Здесь его стараниями была открыта бесплатная клиника, куда съезжались больные со всей необъятной России. Доктор не только принимал пациентов, но и занимался научной работой по военно-полевой хирургии.
Профессор был почётным членом ряда зарубежных университетов, принимал участие в семинарах и конференциях, по приглашению читал лекции в Петербурге, трудился над созданием «Дневника старого врача». Когда началась русско-турецкая война, Александр II сменив гнев на милость, вновь призвал прославленного хирурга присоединиться к участию в кампании. Пирогов выставил условия – он будет заниматься организацией военных госпиталей, если ему не будут мешать. Император согласился с этими требованиями. В Болгарии профессор занимался организацией военных госпиталей. За три месяца доктор преодолел 700 км, посетил 20 населенных пунктов. За свои труды Пирогов получил поистине царскую награду. Ему пожаловали орден Белого орла, золотую табакерку с бриллиантами, на которой красовался портрет Александра II.
Но даже собственную смерть он сумел поставить на службу науке. Незадолго до кончины ученый сделал еще одно открытие – предложил совершенно новый способ бальзамирования умерших. Знаменитый доктор скончался от злокачественной опухоли, возникшей на слизистой ротовой полости зимой 1881 года в своём имении Вишня. Он умер на руках у любимой