Главное в воспитательной работе, чему Н. И. Пирогов придавал решающее значение, это намерения, жизненные цели и задачи, какие ставят себе воспитатели в семье и в школе, согласованность семьи, школы, общества и государства в этих целе-устремлениях. При этом он дал ряд ценнейших соображений по методике воспитательной работы. Однако, проповедуемые Николаем Ивановичем идеи воспитания и просвещения вызвали агрессивное неприятие со стороны чиновников, отвечающих за школьное образование.
Либеральная деятельность его в качестве попечителя учебного округа вызвала у одесского генерал-губернатора подозрение в свободомыслии и подрыве авторитета властей. Н. И. Пирогов был переведен в Киев на должность попечителя Киевского учебного округа. Здесь он продолжал улучшать работу школ, постоянно посещал не только средние школы, но и высшие учебные заведения, проводил встречи с педагогами, учениками, вникая в сущность проблемы школы, индивидуальности ребёнка.
Н. И. Пирогов выступал против ранней специализации детей, сужающей их кругозор и тормозящей их нравственное развитие. Он указывал на необходимость широкого общего образования как основы профессионального обучения. Для него было аксиомой, что каждый учитель школы любого уровня только тогда отвечает своему назначению, когда одновременно с преподаванием он воспитывает учеников. Каждый наставник должен прежде всего усвоить, по его словам: «… что наука нужна не для одного лишь приобретения информации, в ней есть – иногда глубоко, и поэтому для поверхностного наблюдения незаметно, – другой важный элемент – воспитательный. Кто не сумеет им воспользоваться, тот не знает всех свойств науки и выпускает из своих рук тот рычаг, которым можно легко преодолеть большие трудности». (Пирогов Н. И. Избранные педагогические сочинения).
Н. И. Пирогов предложил новый проект школьной системы, направленный против сословной школы. Свою школьную систему он строил по принципу единой школы. Главным