В 1893 году Николай Васильевич занял в Петербурге место директора Клинического Елепинского института усовершенствования врачей, одновременно заведуя там хирургическим отделением. Не смотря на то, что в Москве оставалась огромная школа учеников и ассистентов, он принял решение возглавить институт, в котором предстояло готовить врачей и докторов высшей квалификации, приезжающих сюда со всей России. За семь лет заведывания Институтом Н. В. Склифосовский выстроил новые здания и электрифицировал их, перестроил операционные в соответствии с последними требованиями асептической хирургии, добился выделение средств не только на строительство, но и на увеличение окладов и штатов, установил первый в нашей стране рентгеновский кабинет, почти в два раза удвоил казенные субсидии заведения. Институт превратился в учреждение, которым могла гордиться вся Европа. Неудивительно, что в день двадцатипятилетия профессорской работы среди сотен телеграмм, полученных Николаем Васильевичем, одна из Лозанны гласила: «Вы возглавляете учреждение, которому завидуют другие народы Европы». А в другом послании говорилось: «Из охладевшей руки знаменитого Пирогова Вы подняли знамя учителя хирургии и высоко его несёте впереди многочисленных соратников и учеников».
Как истинный учёный Николай Васильевич являлся учредителем Общества русских врачей для обмена опытом, учредителем и председателем первого и шестого съездов хирургов страны, организатором, председателем и участником Пироговских съездов.
Николай Васильевич Склифосовский
Также Николай Васильевич был почетным членом