Разрешение сложившегося противоречия виделось Н. И. Пирогову в превращении школы в лабораторию выращивания государственных и общественных идеалов и последовательного распространения этих высоких идеалов на жизнь общества. Для этого школа должна была «восстановить свое прямое предназначение – быть руководителем жизни на пути к будущему». Николай Иванович считал, что школа получит «нравственное право на гегемонию в прогрессе», когда «все дарования и способности, все благие и высокие стремления найдут в школе средства к бесконечному и всестороннему развитию, без забот об их приложении».
Центральной категорией в педагогической системе Н. И. Пирогова являлось понятие «человечность», определившей направленность его педагогических устремлений и определяло идеальную конструкцию образовательного процесса. По мнению В. А. Волковича: «…основная задача воспитательной теории Пирогова: осуществление идеала, носителем которого является человек, путем борьбы, процесса жизненного делания добра во имя любви для лучшего грядущего, социального и культурного переворота. Отсюда вытекала центральная педагогическая задача – предотвратить или, как минимум, насколько возможно отсрочить столь опасный и чреватый, по убеждению Пирогова, раскол личности, ее дуализм, выраженный им в известном противоречии „Быть“ и „Казаться“. По Пирогову „Быть“ – осознавать себя самоценной и самодостаточной человеческой личностью, стремиться к идеалам Веры, Добра, Справедливости, Патриотизма. „Казаться“ – значит не жить полноценной самостоятельной жизнью, а играть, исполнять отведенную тебе роль».
Для Н. И. Пирогова это было, конечно, очень серьёзное решение. Ведь не только кардинально менялась сфера его профессиональной деятельности – педагогика на медицину, но изменилось и её содержание. Как писал Н. П. Сакулин, «знаменитый хирург проникся чисто евангельской верой в воспитание и решается на настоящий жизненный подвиг: он круто порывает со своим славным прошлым и делается педагогом».
Н. И. Пирогов принял предложение министра народного просвещения А. С. Норова по настоянию Великой княгини Елены Павловны и Великого князя Константина. Николай Иванович в письме верному другу баронессе Ф. Э. Раден так изложил свое кредо: «Я от своей независимости и от своих убеждений не отказываюсь. И ничего не ищу. Если действительно желают, чтобы я мог быть полезным, то пусть меня не останавливают на полпути; этими полу-путями я следовал уже много раз: теперь я не хочу больше действовать против своей совести и своих убеждений; для этого я может быть слишком хорош, может быть слишком глуп».
Как ёмко написал А. Н. Острогорский, «на свой пост педагога-администратора Пирогов пошёл, чувствуя себя миссионером, учителем жизни, проповедником высокой и святой