Конечно, возможно, что некоторые структуры не только были построены по схожим проектам, но и подвергались одинаковому воздействию среды. В таком случае речь идет об аналогичном сходстве на гомологичном фундаменте. В сравнительной зоологии это подобие именуется «гомойологичным». Гомойологичное сходство мы можем найти и при сравнительном изучении институтов, когда аналогичное развитие новых структур накладывается на гомологично схожее происхождение и в связи с этим возникает синергическое взаимодействие двух типов подобия. Например, парламенты часто могут быть подобны друг другу не только потому, что выполняют схожие функции (например, контроль над правительством), но и потому, что имеют общую историю (как британская палата общин и американская палата представителей) или включают в себя множество гомологично схожих структур, что обусловлено (частичным) переносом институтов18. Без четкого определения таких понятий, как аналогия, гомология и гомойология, невозможно различить три принципиально отличные формы сходства19. Сложность такого разграничения вызывает дискуссии о «неудачных примерах» и «недопустимых сравнениях», которые искажают результаты сравнительных исследований, прежде всего тогда, когда сравнения осуществляются в широкой (исторической) перспективе или с использованием метода наибольших отличий20. Но, вооружившись введенным понятийным аппаратом, позволяющим в подробностях рассматривать сходства и отличия, изучение морфологии институтов может осуществляться по следующему алгоритму: посредством (исторического) сравнительного анализа партий и парламентов, армий или органов власти на первом этапе21 может быть установлено, между какими партиями, парламентами, армиями и т.п. существует гомологичное сходство. Если таковое отсутствует, то осуществляется поиск аналогичного сходства. Если же и его не обнаружится, то либо сравниваемые структуры схожи лишь случайно, либо не схожи вовсе, и тогда из их изучения нельзя извлечь «уроки истории» для настоящего или будущего. На следующем шаге морфологического анализа сравниваемые структуры группируются по мемическим взаимоотношениям, т.е. по критерию гомологичного сходства. На этом этапе также происходит упорядочивание по исторической генеалогии или культурной диффузии. Затем неупорядоченный сравнительный материал группируется по критерию аналогичного сходства. После этого может оказаться, что какие-либо структуры как гомологично, так и аналогично подобны друг другу, в силу чего их следует выделить в группу гомойологичного сходства.
В области гуманитарных наук сила рассматриваемого метода была доказана открытием индоевропейской языковой