В 1999 году, в 24 года, Махеш вернулся в киноиндустрию как главный герой в фильме Raja Kumarudu (Принц №1) режиссёра Рагхавендры Рао в паре с Прити Зинтой. Фильм дал ему хороший старт, за что он получил Nandi Award за лучший мужской дебют, и принёс ему прозвище «Принц Махеш».
Его следующий фильм Yuvaraju вышел годом позже и имел умеренный успех, завершив прокат через 100 дней в 19 киноцентрах по всему Андхра-Прадешу. В этом же году в прокат вышел другой его фильм «Вамси», где Махеш снялся в паре со своей будущей женой Намратой Широдкар. Но фильм не стал хитом.
После плохого проката в следующем году Бабу снялся в «Мурари» (Скрытая правда) с Сонали Бендре. Он назвал «Мурари» важным фильмом в своей карьере, а роль, которую он сыграл в нем, – одной из своих любимых. Фильм имел коммерческий успех и принес ему Специальную премию жюри Нанди.
Хотя его следующие проекты 2002 года «Таккари Донга» (Хитрый лис) и «Бобби» в прокате прогорели, Бабу все равно получил свою вторую Специальную премию жюри Нанди за роль в «Хитром лисе», где исполнил роль ковбоя. Роль и фильм были призваны почтить наследие актёра Кришны – первого индийца, сыгравшего ковбоя в первом индийском вестерне Mosagallaku Mosagadu (1971).
У Бабу было два выпуска фильма в 2003 году, первый из которых «Единственный» (Оккаду) в паре с Бхумикой Чавлой. Фильм стал важным этапом в карьере Махеша, став самым кассовым телугу фильмом года и собрав Р23 крора в прокате. Актер получил свою первую премию Filmfare Awards South за лучшую мужскую роль на телугу. Другой релиз был ленты «Nijam» (Правда). Хотя фильм был коммерческим провалом, Бабу получил похвалу от критиков за свою роль в фильме, а Виджаялакшми из Rediff.com назвала его единственной причиной посмотреть вторую половину фильма, которую она назвала обычным рассказом о вендетте. Он получил свою первую премию Нанди за лучшую мужскую роль. Затем в 2015 году появилась болливудская версия этого фильма с Арджуном Капуром и Сонакши Синхой «Тевар», но эта копия провалилась в прокате.
Другой фильм этого же года «Арджун» был сделан при участии его брата Рамеша и принёс актёру очередную специальную премию Nandi. После релиза фильма, южный комедийный ведущий Манодж сравнил Махеша с Катриной Каиф, что оба играть не умеют и даже эмоции не могут выразить, всегда с одним и тем же выражением снимаются в любых сценах. Но фанаты актера так взбунтовались, даже стали слать ему угрозы, что Маноджу пришлось перед ними извиняться за свое сравнение.
В 2004 году Махеш снялся вместе с Амишей Патель в фильме Naani, продюсером которого была его сестра Манджула. В то время как его одновременно снятая тамильская версия New с другим составом имела коммерческий успех, Naani провалилась в прокате. Провал «Нани» так угнетал Бабу и Манджулу, что они поехали расслабиться в Гоа, прежде чем возобновить свои другие обязательства.
В 2005 году Махеш появился в паре с Тришей Кришнан в киноленте «Под прицелом»